由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
draw_pca<-function(exp){exp=t(exp)#画PCA图时要求是行名时样本名,列名时探针名,因此此时需要转换 exp=as.data.frame(exp)#将matrix转换为data.framelibrary("FactoMineR")#画主成分分析图需要加载这两个包library("factoextra")exp.pca<-PCA(exp,graph=FALSE)#现在exp最后一列是group_list,需要重新赋值给...
8)敲减/过表达LNC942,qPCR和WB分析CXCR4和CYP1B1 mRNA和蛋白水平变化,结果显示敲减LNC942,CXCR4和CYP1B1 mRNA和蛋白水平均下降。 综上所述,基于国内外研究进展与课题组前期研究基础,研究人员提出如下科学假说:BRCA中高表达的LNC942可能是通过促进m6A甲基化转移酶METTL14 mRNA的稳定性,上调METTL14 mRNA和蛋白表达...
该技术是在荧光素酶报告基因载体的报告基因编码区的下游插入LncRNA结合序列或者mRNA的3’UTR区,然后将构建好的载体转染至细胞内并改变细胞中相应miRNA的表达水平,通过检测荧光素酶的表达情况以分析LncRNA或者mRNA的3’UTR区中是否含有miRNA的靶位点。 3.LncRNA-Protein CLIP-seq (Cross-Linking Immunoprecipitation): ...
mRNA-lncRNA-甲基化联合分析mRNA 实验分组 实验物种:人 数据来源:8张表达谱芯片,8张甲基化芯片 白血病 正常 Agilent表达谱芯片 4张 4张 Illumina甲基化芯片 4张 4张 备注:Agilent表达谱芯片设计有mRNA和lncRNA探针。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | ...
康成生物在MeDIP-seq数据中加入lncRNA启动子DNA甲基化分析,客户可以同时得到lncRNA,mRNA的DNA甲基化相关数据,可与Arraystar lncRNA芯片联合应用,实现两个平台的无缝对接。lncRNA启动子分析同样适用于hMeDIP-seq平台,可以快速便捷地确定DNA羟甲基化修饰在lncRNA启动子区域的分布。 图1. 甲基化/羟甲基化测序lncRNA启动...
通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA 肿瘤 发育 遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题 ...
结论:(1)党参干预能够保护小鼠胰腺组织结构在衰老过程中免受损伤.(2)党参干预可以改变衰老小鼠胰腺组织lnc RNA,mRNA表达谱,经过生物信息学分析发现了党参抗胰腺衰老的多个生物学通路,其中脂肪酸代谢,线粒体,新陈代谢通路,癌症通路与党参抗小鼠胰腺衰老相关.(3)NONMMUT026973,Dpep1,Eci1,Serpini2基因与党参抗小鼠...
关于寻因单细胞全转录组技术可以实现单细胞级别的非编码RNA研究,在往期我们已详细介绍过了:由于bulk RNA-seq是样本均一化后的表达量检测,所以我们无法判断具有相关性的lncRNA与mRNA是否在同一类细胞中表达;而单细胞全转录组技术通过随机引物捕获全长序列转录本的原理使得我们可以获得同一个细胞内的RNA分子的表达情况。
康成生物在MeDIP-seq数据中加入lncRNA启动子DNA甲基化分析,客户可以同时得到lncRNA,mRNA的DNA甲基化相关数据,可与Arraystar lncRNA芯片联合应用,实现两个平台的无缝对接。lncRNA启动子分析同样适用于hMeDIP-seq平台,可以快速便捷地确定DNA羟甲基化修饰在lncRNA启动子区域的分布。 图1. 甲基化/羟甲基化测序lncRNA启...