对于相同的比对任务,使用不同版本的数据库时,即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果,但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently...
大概意思是-max_target_seqs和-num_alignments是功能是一样的,只是针对不同的输出格式。当-outfmt小于等于4时使用-num_alignments,当-outfmt大于4时,使用-max_target_seqs。 感觉不太对,如果是这样的话NCBI根本就没有原因设置两个参数来完成这个目的。 2.3 测试 在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、nu...
4.2.720 max_target_seqs: Maximum number of aligned sequences to keep from the BLAST database. 4.2.21 negative_gilist: File containing a list of GIs to exclude from the BLAST database. B L 4.2.22 num_alignments: Number of alignments to show in the BLAST output. A S T 4.2.23 num...
另一个问题：在我们的测试中，推测性解码比纯原模型慢。
apiVersion: ray.io/v1 kind: RayService metadata: name: text2sql spec: serveConfigV2: | applications: - name: text2sql route_prefix: / import_path: serve:model deployments: - name: VLLMDeployment max_ongoing_requests: 100 autoscaling_config: target_ongoing_requests: 1 min_replicas: 1 max...
self.watcher_first_run =Falseself.watcher.start()@pydio_profiledefupdate_min_seqs_from_store(self, success=False):self.local_seq = self.current_store.get_min_seq('local', success=success)ifself.local_seq ==-1: self.local_seq = self.local_target_seq ...
if word not in word_to_ix: word_to_ix[word] = count1 word_count += 1 for tag in tags: if tag not in tag_to_ix: tag_to_ix[tag] = count2 tag_count += 1 return word_to_ix, tag_to_ix word_to_ix, tag_to_ix = seqs_to_dictionary(training_data) print(word_to_ix) print...
BLASTN参数研究记之max_hsps 最近频繁使用到BLASTN,BLASTN有很多参数。有一些显而易见的参数,例如: -query -out -outfmt -db 也有一些参数不那么常用,今...