max_target_seqs参数用于设定输出结果中的比对序列数量。用户可以根据自己的需求将其设置为一个较小的值,以减少输出结果的大小和分析的复杂度。 十、参数10:out out参数用于指定输出结果的文件路径。用户可以将输出结果保存到指定的文件中,以便后续的分析和处理。 结论: 本文对blastp常用参数进行了详细解析,包括query...
blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-num_descriptions 4)-max_hsps 这个4个命令有时容易搞混,在使用时每个都一次就可以区分,这里ChatGPT讲的...
#blastp参数cat pepid|whileread iddoblastp-db pep/$id.fa \-query sorted.fasta \-out bp/$id.bl \-evalue1e-10\-best_hit_overhang0.25\ #-perc_identity0.5\-perc_identity0.5\-max_target_seqs5\-num_threads10-outfmt6#-outfmt"6 qacc sacc evalue pident length qstart qend sstart send"#b...
-max_target_seqs:找到最大的目标的数目,也可以用-num_descriptions,tabular格式输出结果的条数; -num_threads :线程数,并行运行时,缩短计算时间。
待格式化处理的fasta文件(一般是从PDB/NCBI里下载所有的相关或者整个库中的序列); -dbtype: 数据库类型,prot或者nucl; -out: 输出的数据库名; 蛋白质比对蛋白数据库(blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs...
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blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs 6 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名(.fasta格式); -out: 输出文件路径及文件名(.blast); -db: 格式化了的数据库路径及数据库名(数据库可以从PDB/NCBI里下载所有的相关/整...
)...master ncbi-blast-2.9.0+]$ source ~/.bashrc #刷新你的环境配置文件,使得系统识别你刚加入的环境变量(也可以关闭当前终端再次打开,系统自动刷新环境配置文件) blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs...
)...master ncbi-blast-2.9.0+]$ source ~/.bashrc #刷新你的环境配置文件,使得系统识别你刚加入的环境变量(也可以关闭当前终端再次打开,系统自动刷新环境配置文件) blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs...