对于相同的比对任务,使用不同版本的数据库时,即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果,但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently...
在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、num_alignments,为了比较这两个参数的不同,我们分别把-max_target_seqs和-num_alignments从1到500,分别运行500次,比较这500个结果之间的异同。 2.3.1-max_target_seqs $ for i in `seq 1 500`; do blastn -query otu.fa -outfmt '6 qseqid sseqid qst...