对于相同的比对任务,使用不同版本的数据库时,即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果,但是BLAST却返回不同的结果。而且以不同的方式对数据库进行排序,也会导致在将max_target_seqs参数设置为1时,BLAST返回不同的“top hit”。原文如下: To enable the efficient processing of large data sets, researchers frequently...
注意与-max_target_seqs区分。由于BLAST结果中每一行就是一个HSP,所以如果将其设置为10,那么每一query在BLAST结果中都只有10行。 此外,在BLAST的标准输出(outfmt=6/7)中,是没有query coverage的相关信息的。但由于是local alignment,query coverage的信息对于判断比对的可信度又非常重要,因此我们常常要通过设定outfmt...
其他参数说明: --max-target-seqs/-k 比对到的最大序列数,默认值是25。--top 百分数的形式表示--max-target-seqs --evalue/-e 比对的最大evalue值(默认0.001) --min-score 最小评分 --id 给出指定百分比的数据 --subject-cover 最小覆盖度 --unal (0,1) 是否输出未比对上的reads(0=no, 1=yes)...
= BLAST archive format (ASN.l) Default = O -show_gis 是否显示 NCBI Gls -num_descriptions lntegeo =0 显示描述的数目,不适用于4 Default = 500 * 不兼容: max_targGt_seqs -num_alignments lnteger, =0 显示匹配的序列数 Default = 2501 穴不 兼容: max_target_seqs -html 是否生成 HTML output...
2. 常用参数: * `-evalue`:E-value阈值,用于过滤比对结果。 * `-max_target_seqs`:返回的最大目标序列数。 * `-outfmt`:输出格式,如`5`表示XML格式,`6`表示文本格式。 * `-num_threads`:使用的线程数,可以加速比对过程。 3. 数据库构建: 使用`makeblastdb`命令构建数据库。例如: ```bash makeblast...
-parse_seqids, -hash_index两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用；-dbtype 后接...
-max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity :比对的最低相似度 -num_threads:线程数,线程越多,运行速度越快,但占用的CPU也越多,不能高于电脑的线程数。 -outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式,其输出结果示例为: ...
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc...
BLAST命令还有一些常用的参数,下面列举一些常用的参数及其用法: –evalue:指定期望值阈值,比对结果中只显示evalue小于该值的匹配,默认为10。 –max_target_seqs:指定返回结果中匹配的最大数量,默认为500。 –word_size:指定比对时使用的单词长度,默认为11。