在当前目录下新建两个文件夹 -max_target_seqs、num_alignments,为了比较这两个参数的不同,我们分别把-max_target_seqs和-num_alignments从1到500,分别运行500次,比较这500个结果之间的异同。 2.3.1-max_target_seqs $ for i in `seq 1 500`; do blastn -query otu.fa -outfmt '6 qseqid sseqid qst...
blast中有些参数是控制输出时展示比对结果数量的命令,这些是十分重要的,比如只匹配最佳比对序列,或者展示得分最高的几个序列,这些在本地化的blast中该如何设置? 1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-num_descriptions 4)-max_hsps 这个4个命令有时容易搞混,在使用时每个都一次就可以区分,这里ChatGPT讲的...
–max_target_seqs:指定返回的最大序列数。 –word_size:指定用于匹配的单词大小。 以上是对blastnlinux命令的简要介绍和常见参数的解释。根据实际需求,可以根据需要调整参数以获得最佳的搜索结果。 blastnlinux是一个用于在Linux操作系统上运行的BLASTN命令。BLASTN是基于序列比对的算法,用于在DNA或RNA序列数据库中寻...
还有其他的参数 -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:线程数,指定多少个cpu运行任务 等等 另一种情况,序列本身进行比对,也就是序列自己和自己比,可以发现内部的一些重复 blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 二、blast结果 1. 比对结果输出 ...
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc...
BLASTN参数研究记之max_hsps 最近频繁使用到BLASTN,BLASTN有很多参数。有一些显而易见的参数,例如: -query -out -outfmt -db 也有一些参数不那么常用,今天主要研究研究这些不常用的参数。 1. 准备数据 主要用的数据有: BLASTN索引文件 Query序列 假定这些文件都放置在当前文件夹,并且当前文件夹有一个ret的子文...
blastn -db database_name -query input_file -out output_file -evalue evalue -max_target_seqs num_sequences -num_threads int_value -outfmt "7 qacc sacc evalue length pident" -evalue 预期的从hit筛选hsp的阈值 -outfmt 选择性输出的一些内容. 如 : 7 代表查询结果表格化并且带有注释行. 而 qacc...
-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的...
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便 个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、 例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 num_threads 4 -outfmt format "7 qa...