-query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 还有其他的参数 -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:线程数,指定多少个cpu运行任务 等等 另一种情况,序列本身进行比...
–max_target_seqs:指定返回的最大序列数。 –word_size:指定用于匹配的单词大小。 以上是对blastnlinux命令的简要介绍和常见参数的解释。根据实际需求,可以根据需要调整参数以获得最佳的搜索结果。 blastnlinux是一个用于在Linux操作系统上运行的BLASTN命令。BLASTN是基于序列比对的算法,用于在DNA或RNA序列数据库中寻...
1)-num_alignments 2)-max_target_seqs 3)-num_descriptions 4)-max_hsps 这个4个命令有时容易搞混,在使用时每个都一次就可以区分,这里ChatGPT讲的还是比较详解。 3. 控制输出的格式(默认是-outfmt 6) 输出结果直接影响着我们如何看比对结果。 这里是一个blastn的输出结果一共12列,看一下每一列代表着什么?
与之前的blast相比,新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来,对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数。 1、例子: blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 4 -outfmt format "7 qacc...
-max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数(以前我都用-b 5 -v 5,理解不对请指教) -num_threads:指定多少个cpu运行任务(依赖于你的系统,同于以前的-a参数) -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦, 7表示带注释行的...
blastn-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-max_target_seqs6-outresult #-evalue为阈值,-outfmt为输出格式,-max_target_seqs为最大匹配基因对个数 blastp makeblastdb-ina.fasta-dbtype prot-outa_db #建参考蛋白序列索引 blastp-query b.fasta-db a_db-evalue1e-10-outfmt6-outresult-max_...
27、BLASTN的参数 与之前的blast相⽐，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加⽅便个⼈在使⽤blastn的过程中总结了⼀些⾃认为常⽤的参数。1、例⼦： blastn -db plant_rna -query test.fa -out test.out -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5...
defrun_blastn(db,query,min_ident):build_blast_database_if_needed(db)cmd='blastn -db {} -query {}'.format(db,query)#.format()感觉比用%s,%d更好cmd+=" -outfmt 6 -evalue 1e-5 -max_target_seqs 20"cmd+=' -perc_identity {}'.format(min_ident)f=os.popen(cmd)blast_hits=f.read...
# blastn -query query.fa -db path/to/blast_db -num_threads 16 -max_target_seqs 10 5. Search the remote non-redundant nucleotide database using a nucleotide query: # blastn -query query.fa -db nt -remote 6. Display help (use `-help` for detailed help): ...
Review how JSpecies implements ANIb with regards to the command line options to NCBI BLAST, including if we should be using -max_target_seqs 1 here (as that heuristic can discard the best hit in some corner cases). Also, we can reduce th...