1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p 下面进入最长的工具参数说明. 核心:callpeak用法 ...
ATAC-seq关心的是在哪切断,断点才是peak的中心,所以使用shift模型,--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--SPMR-g hs--outdir Mac...
macs2 callpeak \-t ip.bam \-c input.bam \--outdir out_dir \-n chip \-g hs -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参数指定基因组的...
macs2 callpeak \-t ip.bam\-cinput.bam\--outdirout_dir \-n chip \-g hs AI代码助手复制代码 -t参数指定抗体处理的样本,-c指定input样本,值得一提的是,macs支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的bam格式外,还支持SAM/BED格式。 --outdir指定输出结果的目录,-n参数指定输出文件名的前缀,-g参...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
macs2 callpeak -t H1hesc.final.bam -n sample --shift -100 --extsize 200 --nomodel -B --SPMR -g hs --outdir Macs2_out 2> sample.macs2.log MACS2输出文件解读 NAME_peaks.xls包含peak信息的tab分割的文件,前几行会显示callpeak时的命令。输出信息包含: 染色体号 peak起始位点 peak结束位点...
对没有input数据的BAM文件进行peak calling可以使用MACS2的“nomodel”参数。这会让MACS2在不使用输入文件的情况下,直接进行峰值识别。 以下是使用MACS2进行peak calling的命令: macs2 callpeak -t your_file.bam -f BAM -n output_name --nomodel --shift -100 --extsize 200 -g hs ...
callpeak bdgpeakcall bdgbroadcall bdgcmp bdgopt cmbreps bdgdiff filterdup predictd pileup randsample refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 macs2 callpeak \ -t ip.bam \
macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad...