macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120# condition2 macs2 callpeak-B-t cond1_ChIP.bam-c cond1_Control.bam-n cond1--nomodel--extsize120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行...
安装成功后就可以直接使用MACS2进行peak calling了 # MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize $ macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix -...
$ macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 $ macs2 callpeak -B -t cond2_ChIP.bam -c cond2_Control.bam -n cond2 --nomodel --extsize 120 这个数值在差异分析中会用到,所以要记录下来。 $ egrep "tags after filtering in treatme...
macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 # condition2 macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 # tags after f...
macs2 callpeak -B -t cond1_ChIP.bam -c cond1_Control.bam -n cond1 --nomodel --extsize 120 1. 2. 3. 4. 在运行这一步的时候,会输出每个样本过滤之后的reads数目,示意如下 # tags after filtering in treatment: 19291269 # tags after filtering in control: 12914669 ...
ATAC-Seq call peaks示例 ATAC-seq关心的是在哪切断,断点才是peak的中心,所以使用shift模型,--shift -75或-100 对人细胞系ATAC-seq 数据call peak的参数设置如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 macs2 callpeak-t H1hesc.final.bam-n sample--shift-100--extsize200--nomodel-B--...
安装成功后就可以直接使用MACS2进行peak calling了 #MACS首先的工作是要确定一个模型,这个模型最关键的参数就是峰宽d,这个d就是bw(band width),而它的一半就是shiftsize$macs2 callpeak -c controlFile.bam -t treatmentFile.bam -m 10 30 -p pvalue -f BAM -g gsize -B -n filename.preffix --out...
如果你就想简单地,快速地 call peak, 那么就用从从下面两行挑一个走吧 1.macs2的基本命令 2.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAM -n prefix -q 0.00001 3. 4.双端测序使用 5.macs2 callpeak -t treatment.bam -c control.bam -g hs -B -f BAMPE -n p ...
macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir \ -n chip \ -g hs -t 参数指定抗体处理的样本,-c 指定 input 样本,值得一提的是, macs 支持多种格式的输入文件,除了上述代码中使用的 bam 格式外, 还支持 SAM/BED 格式。 --outdir 指定输出结果的目录,-n 参数指定输出文件...
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...