--broadpeak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时...
如果是宽峰的callpeak,则产生以下的peak calling结果: NAME_peaks.broadPeak 该文件为BED6+3格式,没有了 .narrowPeak文件的第10列,即峰顶的位置。由于broad peak并不存在峰顶的含义,所以这个文件的第5,7-9列都是整个peak的平均值(而narrowPeak是峰顶处的值)。 $head test.broadPeak chr2L 5129 9425 test_...
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peakcalling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 参数介绍 -T/–TREATMENT FILENAME:treat组 -C/–CONTROL:control 或 mock(非特异性抗体,如IgG)组 control:...
broad domains,如组蛋白修饰在整个基因body区域的分布;narrow peak,如转录因子的结合。narrow peak相对于broad 或者分散的marks更易被检测到。也有一些混合的结合图谱,如PolII包括narrow和broad信号。 2 MACS2 peaks calling 有不同的方法,MACS2是最常用的call peaks工具。 MACS全称Model-based Analysis of ChIP-Seq...
macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # 较宽的peak calling macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 -t/--treatment FIELNAME和-c/--cont...
1.# 常规的peak calling 2.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 3.# 较宽的peak calling 4.macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1 我们先来介绍这个案例里的参数。首先是常规的peak calling用到的参数 ...
.gz.sorted_deduplicate_bam'#对照组样本名nohup macs2 callpeak\-t${treat}\#输入的对照组-c${condtrol}\#输入的对照组-f BAM\#输入文件格式-g mm\#实际比对的基因组大小 这里是mm10-n ~/chip-seq/4macs/${id%.sorted*}\#输出结果前缀-B --broad --broad-cutoff 0.01 broad peaks,这里用是组...
callpeak 2. bdgpeakcall 3. bdgbroadcall 4. bdgcmp 5. bdgopt 6. cmbreps 7. bdgdiff 8. filterdup 9. predictd 10. pileup 11. randsample 12. refinepeak 每个子命令和对应的功能描述如下 本文主要介绍 macs2 最经典的使用场景 peak calling, 基本用法如 下 macs2 callpeak \ -t ip.bam \ ...
v1/README.rst MACS2–program(s)INPUTDATA:alignedsequencereads ChIPedsample“treat”Input/IgG“control”filterduprandsample callpeak predictd OUTPUTFILEs peaks.xlspeaks.narrowPeak summits.bedmodel.rmodel.pdf treat_pileup.bdgcontrol_lambda.bdg pileup refinepeaks bdgpeakcallbdgbroadcall ...
Macs2主要有两种模式,即"callpeak"模式和"bdgpeakcall"模式。前者用于得到.bed或.narrowPeak格式的输出文件,后者用于得到.broadPeak格式的输出文件。 5.峰值后处理和注释 获得峰值文件后,我们可以根据需要进行后续的分析。可以使用bedtools、IGV等工具进行峰值合并、相互重叠分析、富集分析等操作。另外,我们还可以使用...