peak有narrow peak和broad peak, 设置时可以call broad peak 的结果文件。 --broad-cutoff和pvalue、以及qvalue相似 --nolambda: 不要考虑在峰值候选区域的局部偏差/λ Shift 模型参数: --nomodel这个参数和extsize、shift是配套使用的,有这个参数才可以设置extsize和shift。 --extsize当设置了nomodel时,MACS会...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalue q value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broad peak有narrow peak和broad peak, ...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalueq value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。 --broadpeak有narrow peak和broad peak, 设...
--t1 蛋白1的实验组数据(MACS pileup bedGraph for condition 1),--t2 蛋白2的实验组数据(MACS pileup bedGraph for condition 2),--c1 蛋白1的对照组数据(MACS control lambda bedGraph for condition 1),--c2 蛋白2的对照组数据(MACS control lambda bedGraph for condition 2)。 四、 举个例子 (1) ...
-B/--bdg:输出bedgraph格式的文件,输出文件以NAME+'_treat_pileup.bdg' for treatment data, NAME+'_control_lambda.bdg' for local lambda values from control显示。 peak calling 参数 -q/--qvalue和-p/--pvalue q value默认值是0.05,与pvalue不能同时使用。
python2.7 macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g hs --broad-cutoff 0.1There are seven major functions available in MACS serving as sub-commands.callpeak: Main MACS2 Function to Call peaks from alignment results. bdgpeakcall: Call peaks from bedGraph output. bdgbroadcall: ...
MACS2功能:macs2 callpeak 是macs2最主要的一个功能,能够利用bam文件寻找chip peak;macs2 callpeak 使用: # regular peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01 # broad peak calling:macs2 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam --broad -g ...
使用MACS2进行差异peak分析 MACS2作为使用最广泛的peak calling软件,在v2版本中添加了差异peak分析的功能,所有的子命令功能描述如下通过bdgdiff子命令来进行差异peak分析, 该命令不需要基于已有的peak calling结果,只需要输入每个样本对应的bedGraph格式的文件。需要注意的是,该命令只针对两个样本间的差...
软件有几个默认值,如hs指human # --outdir 输出结果的存储路径 # --bdg 输出 bedgraph 格式的文件 # -q FDR阈值, 默认为0.05 运行MACS2 时在屏幕输出的部分内容 注意:使用 MACS2 call peak 时,有人可能会报错 “IndexError: list index out of range”,检查一下是不是因为你没有sort sam。 MACS2 ...
callpeak-Options Variousoptionstoindicate/controlinput,output,peakmodellingandpeakcallingmacs2callpeakusage:macs2callpeak[-h]-tTFILE[TFILE...][-c[CFILE[CFILE...]]][-f{AUTO,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}][-gGSIZE][--keep-dupKEEPDUPLICATES][--buffer-sizeBUFFER_SIZE...