本研究通过RIP-seq、RNA-seq、m6A-seq、ATAC-seq等分析揭示了YTHDF2在早期效应T细胞和效应样T细胞中选择性上调和重新分布;YTHDF2缺失加剧了肿瘤进展,并对小鼠和人类的PD-1阻断治疗无反应性;YTHDF2通过m6A依赖性RNA衰变预防线粒体功能障碍;YTHDF2与IKZF1/3互作促进T细胞多功能性;通过联合使用IKZF1/3抑制剂来那...
本研究通过RIP-seq、RNA-seq、m6A-seq、ATAC-seq等分析揭示了YTHDF2在早期效应T细胞和效应样T细胞中选择性上调和重新分布;YTHDF2缺失加剧了肿瘤进展,并对小鼠和人类的PD-1阻断治疗无反应性;YTHDF2通过m6A依赖性RNA衰变预防线粒体功能障碍;YTHDF2与IKZF1/3互作促进T细胞多功能性;通过联合使用IKZF1/3抑制剂来那...
本研究通过RIP-seq、RNA-seq、m6A-seq、ATAC-seq等分析揭示了YTHDF2在早期效应T细胞和效应样T细胞中选择性上调和重新分布;YTHDF2缺失加剧了肿瘤进展,并对小鼠和人类的PD-1阻断治疗无反应性;YTHDF2通过m6A依赖性RNA衰变预防线粒体功能障碍;YTHDF2与IKZF1/3互作促进T细胞多功能性;通过联合使用IKZF1/3抑制剂来那...
(3)MeRIP-Seq和RIP-Seq鉴定ZNF839为YTHDF1下游靶点 对成骨诱导3天的hBMSCs和未处理的对照细胞进行m6A MeRIP-seq分析,以探索未处理的hBMSCs中m6A修饰的概况以及成骨过程中m6A在hBMSCs中的变化。通过成骨诱导组和对照组m6A MeRIP-seq,共检测到13815和16657个m6A峰,分别对应8012和8729个转录本。作者通过motif分析,发...
RIP-seq在植物和医学中m6A研究的典型案例 3.1. IGF2BP家族蛋白调控MYC等RNA的稳定性 主要的生化手段:外源性FLAG-RIP LC-MS/MS、内源性IGF2BP-RIP-seq、RNA pulldown 期刊及影响因子:Nature Cell Biology (IF=17.72) 2018, 20(3):285-295 全文解读的链接:RNA m6A阅读蛋白IGF2BP增强mRNA稳定性&促进翻译 |...
在小鼠BMSCs中敲除YTHDF1和在hBMSCs中下调YTHDF1均抑制细胞体外成骨分化。m6A MeRIP-seq、RIP-seq结果显示ZNF839是YTHDF1的靶基因。研究还验证了ZNF839在小鼠中的同源蛋白Zfp839受YTHDF1的m6A依赖性翻译调控。ZNF839通过与Runx2相互作用并增强其转录活性，进一步促进BMSC成骨。研究摘要揭示了m6A阅读蛋白...
联合基因科普rip 原标题:用户文章:RIP-seq和m6A-seq联合分析揭示头颈癌铁代谢机制 | RIP专题 中文标题:YTHDF1增强铁代谢依赖于TFRC m6A甲基化 英文标题:YTHDF1-enhanced iron metabolism depends on TFRC m6A methylation 发表期刊:Theranostics 影响因子:8.579 研究机构:浙江大学医学院附属邵逸夫医院 联川提...查看...
这篇文章首先通过比色法检测了PH中整体m6A修饰水平上调,m6A reader蛋白YTHDF1表达上调,揭示了m6A修饰在PH病理生理学中的潜在作用。然后通过云序生物提供的m6A MeRIP-seq、RNA-seq、RIP-seq寻找m6A修饰和受YTHDF1调控的靶基因MAGED1。在疾病患者、模型小鼠、PASMC细胞中,一方面验证了YTHDF1 reader蛋白在疾病中表达提高...
http://software.broadinstitute.org/software/igv/download,然后在文件夹IGV_Win_2.4.16/lib 下打开igv.jar(事先要安装JAVA8版本,JAVA9以上版本不能用),看到以下界面后,首先选择基因组信息,以本实验为例,我们选择hg38版的人基因组信息,chr1:173,863,900-173,868,882作为想要查看的染色体区域信息输入进去后,出...
这篇文章首先通过比色法检测了PH中整体m6A修饰水平上调,m6A reader蛋白YTHDF1表达上调,揭示了m6A修饰在PH病理生理学中的潜在作用。然后通过云序生物提供的m6A MeRIP-seq、RNA-seq、RIP-seq寻找m6A修饰和受YTHDF1调控的靶基因MAGED1。在疾病患者、模型小鼠、PASMC细胞中,一方面验证了YTHDF1 reader蛋白在疾病中表达提高...