高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
(3)MeRIP-Seq和RIP-Seq鉴定ZNF839为YTHDF1下游靶点 对成骨诱导3天的hBMSCs和未处理的对照细胞进行m6A MeRIP-seq分析,以探索未处理的hBMSCs中m6A修饰的概况以及成骨过程中m6A在hBMSCs中的变化。通过成骨诱导组和对照组m6A MeRIP-seq,共检测到13815和16657个m6A峰,分别对应8012和8729个转录本。作者通过motif分析,发...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
在小鼠BMSCs中敲除YTHDF1和在hBMSCs中下调YTHDF1均抑制细胞体外成骨分化。m6A MeRIP-seq、RIP-seq结果显示ZNF839是YTHDF1的靶基因。研究还验证了ZNF839在小鼠中的同源蛋白Zfp839受YTHDF1的m6A依赖性翻译调控。ZNF839通过与Runx2相互作用并增强其转录活性，进一步促进BMSC成骨。研究摘要揭示了m6A阅读蛋白...
一些改进方法(比如miCLIP-seq)通过将m6A抗体和其结合的RNA交联,从而在修饰位点附近诱导序列突变或发生截断,可实现近乎单碱基分辨率的检测水平[12, 14]。然而,这些突变或截断类型十分复杂,不同位点之间差异很大,常分散在3~4碱基的序列窗口内[12, 14]。 Arraystar解决方案:对经MazF酶处理的,因具有m6ACA序列而未被...
采用甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)和RNA-seq结合的高通量测序分析方法鉴定出ALKBH5的下游靶标。通过体外和体内挽救实验(In vitro and in vivo rescue experiments)验证下游靶标对ALKBH5缺失细胞或动物的功能表型作用。此外,通过RIP-qPCR、RNA下拉和RNA稳定性分析揭示了互作的reader蛋白和调控机制。
最后,将picoMeRIP-seq应用到单个的小鼠卵子和着床前胚胎,包括GV (germinal vesicle) 和MII (metaphase II)时期卵子以及受精卵(zygote)、2细胞(2-cell)、8细胞(8-cell)、囊胚(blastocyst)时期的胚胎,作者得到了全转录组m6A修饰图谱。主成分分析显示、单卵子/胚胎的m6A修饰可以将各个发育时期很好地区分。m6A修饰区域...
进一步地,该团队通过 caPAR-CLIP-seq 分析证实,与质谱和蛋白互作实验结果相同,DDX21 与 METTL3 可在新生成的转录本上共定位,并相互作用。ssDRIP-seq 分析结果显示,R-loop 信号在 DDX21 和 METTL3 的染色质相关 RNA(caRNA)结合位点区域...
研究方法:m6A MeRIP-seq、 RNA-seq、RIP-qPCR、WB、dot blot 研究摘要 食管鳞状细胞癌(ESCC)是一种具有显著代谢重编程的致命恶性肿瘤,然而驱动ESCC进展的关键代谢特征仍然难以捉摸。在这里,作者发现甲硫氨酸周期在ESCC中表现出强大的激活,并且与患者生存率呈负相关。ESCC细胞容易利用外源甲硫氨酸生成S -腺苷甲硫氨酸...