高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
1)参与该途径的细胞mRNA差异甲基化可以控制EBV再激活引起的IFN信号反应。 ebv潜伏期和再激活期间,对EBV阳性LCL和Akata细胞分离的RNA进行了MeRIP-seq分析,发现了从数百到1600多个不同数量的甲基化峰(图1B)。进一步分析了潜伏和裂解复制之间基因的差异甲基化,发现在LCL和Akata中,与潜伏(3个mRNA)相比,裂解再激活过程...
m6A甲基化是转录后调控中重要的表观遗传修饰方式，它普遍存在于病毒和真核生物中。MeRIP-seq（高通量测序法）作为m6A修饰的检测方法，其具有针对全基因组范围内检测m6A的存在；能够明确每个基因的修饰水平，进行组与组之间比较等优势。接下来就让小编带大家详细了解m6A和MeRIP-seq。 1.在介绍m6A之前，首先认识一下什么...
大样本量m6A-QTL性状关联分析,传统MeRIP单个样品价格高,通常难以承担。易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基...
本研究利用MeRIP-seq和RNA-seq研究对照组和野百合碱(monocrotaline)诱导的PAH大鼠肺动脉组织中m6A和RNA表达差异。使用GO和KEGG进行功能富集分析,研究了差异表达功能。为了筛选候选m6A相关基因,使用STRING和Metascape数据库构建了蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过对候选相关基因表达进行实时PCR验...
一、甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)测序技术原理 表观转录组指RNA序列不发生改变的情况下,由RNA上的化学修饰调节基因表达的现象。胞内RNA的修饰超过100种,其中大部分的表观修饰发生在tRNA及其他非编码RNA上[1],发生在mRNA上的修饰无论是从种类上还是数量上都较少。下图展示了部分发生在真核生物mRNA上...
merip-seq技术通过特异性的抗m6A抗体结合m6A修饰的RNA,然后进行测序分析,从而实现对m6A修饰的识别和定位。 1. m6A修饰的原理 m6A修饰是一种在RNA分子中常见的化学修饰形式,它是通过甲基转移酶复合物在RNA分子上的特定位置N6位甲基化而成。m6A修饰在调控RNA的稳定性、转录和翻译过程中起着重要作用,对于细胞的功能和...
作者首先用PolyA RNA（来自小鼠肝脏组织）和体外培养细胞（小鼠胚胎干细胞）进行了picoMeRIP-seq的评估，证实picoMeRIP-seq可以用于100 pg PolyA RNA和10个小鼠胚胎干细胞起始情况下全转录组水平的m6A鉴定。同时，使用METTL3敲除的小鼠胚胎干细胞以及m6A参考RNA分子（spike-in），进一步证实了picoMeRIP-seq的特异性。接...
MeRIP-seq分析显示,GGAC是检测到的peaks峰中最常见的m6A motif。总的来说,MeRIP-seq分析分别在shNC和shMETTL14细胞中鉴定出5461个和2861个peaks峰。此外,m6A信号在3′ UTR中大量富集。为了评估基因表达的改变是否是由m6A修饰引起的,研究人员将MeRIP-seq中282个减少的m6A峰和RNA-seq中377个改变的基因重叠,发现11个...
图1:m6A甲基化和去甲基化示意图 目前对m6A的转录组研究方法为MeRIP-seq(mRNA甲基化测序)的方法,其原理是通过m6A特异性抗体对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀,将富集下来的RNA片段进行高通量测序。结合生物信息学分析,即可在转录组范围内对m6A修饰进行系统研究。 服务...