高通量测序目前主要以m6A-seq/MeRIP-seq为主,它是目前研究m6A修饰使用最广泛的技术之一。 MeRIP-seq将甲基化DNA 免疫共沉淀(methylated DNA immunoprecipitation, MeDIP)技术、RNA 结合蛋白免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)技术和RNA 测序(RNA sequencing,RNA-seq)技术组合起来,高精度地检测全基因组(或全转录组...
在RIP-Seq中总共检测到534个在sh-YTHDF1下调的基因。为了深入了解这些与YTHDF1结合的基因的潜在功能,作者对这些发生m6A修饰且与YTHDF1结合的mRNAs进行了GO分析,观察到它们参与多种功能,包括细胞分化调控、成骨细胞分化调控和骨矿化调控(图3D,E),表明这些基因可能参与hBMSC成骨分化。共从m6A MeRIP-seq和RIP-Seq...
整体把握m6A甲基化图谱特征:m6A peak数量变化、m6A修饰基因数量变化、单个基因m6A peak数量分析、m6A peak在基因元件上的分布、m6A peak的motif分析、m6A peak修饰基因的功能分析; 筛选具体差异m6A peak和基因:差异m6A peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异m6A修饰基因的功能分析、差异m6A修饰基因的...
利用MeRIP-seq/m6A-seq技术鉴定全基因组范围内具有m6A修饰的区域。其原理为通过特异识别m6A修饰的抗体,对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。对沉淀下来的RNA片段进行高通量测序,结合生物信息学分析,即可在全基因组范围内对m6A修饰的状况进行系...
尽管这些技术使得分析m6A表观转录谱成为可能[5-9],但它们既不能精确定位MeRIP-Seq peak里实际发生m6A修饰的腺苷酸,也不能对每个修饰位点进行定量[1]。因此,为了进一步深入了解m6A表观转录组学的生物学功能与分子机制,亟待新的技术,能够在单碱基水平确定m6A的修饰状态和修饰比例。为此,Arraystar开发了m6A单碱基分辨率...
鉴定差异m6A修饰后,再对差异m6A修饰进行注释、分布统计、motif鉴定等分析。 (五)mRNA基因表达水平分析 m6A-seq的input文库相当于RNA-seq文库,可以用于分析基因表达量及鉴定差异表达基因。通过定位到基因组区域或者基因外显子区的测序序列(read)的计数来估计基因的表达水平。Read计数除了与基因的真实表达水平成正比外,还...
文章探讨了m6A阅读蛋白YTHDF1在hBMSCs分化过程中的表达增加，并与骨质疏松症相关。研究通过实验检测了不同年龄段个体中YTHDF1 mRNA水平的变化，发现随着年龄的增长，YTHDF1 mRNA水平显著降低。同时，m6A MeRIP-seq、RIP-seq分析发现ZNF839是YTHDF1的靶基因，通过与Runx2相互作用，增强其转录活性，促进BMSC...
进一步地,该团队通过 caPAR-CLIP-seq 分析证实,与质谱和蛋白互作实验结果相同,DDX21 与 METTL3 可在新生成的转录本上共定位,并相互作用。ssDRIP-seq 分析结果显示,R-loop 信号在 DDX21 和 METTL3 的染色质相关 RNA(caRNA)结合位点区域...
建立细胞模型和异种原位移植 (Orthotopic Xenograft) 肿瘤模型以鉴定METTL14和FAT4在眼部黑色素瘤生长中的作用。采用RIP-qPCR、MeRIP-seq、miCLIP-seq和RNA稳定性实验来研究FAT4对m6A水平的作用机制。 研究结果首先表明了眼部黑色素瘤细胞对HDACis的易感性。HDACis触发眼黑色素瘤中m6A RNA修饰的升高。进一步的研究表明...