1.通过CHIRP(RNA版的CHIP)-MS、CHIRP-WB(这个是最先打出来的,把MS出来的蛋白往R-loop与CTCF上富集来做关联),基于HOTTIP KO的CTCF-ChIP、Cohesin-ChIP、AML associated gene motif分析、DRIP-seq以及通过Venn图寻找HOTTIP与CTCF/CTCF-cohesin的co bingding位点比例和两种组蛋白ChIP来将HOTTIP、CTCF/cohesin、R-loop...
除了这些顺式效应，APOLO还通过短序列互补介导的R-loop (DNA-RNA双链)的形成来反式调控靶基因座，从而诱导PRC1到靶基因座以调节其染色质状态（Ariel et al. 2020）。此外，光形态发生相关的lncRNA HID1(HIDDEN TREASURE1)抑制其靶基因PHYTOCHROME INTERACTING FAC-TOR 3 (PIF3)的转录活性。HID1与未知蛋白形成一...
3. DNA纤维分析显示染色质累积的非编码RNA与转录依赖的复制应激有关; 4. 通过RNAPII的ChIP-seq发现染色质积累的非编码RNA通过RNAPII与染色质相连,形成R-loop; 5. 通过对染色质结合的非编码RNA进行m6A meRIP-seq,发现缺失组蛋白H1后这些非编码RNA...
【Nature | TERRA lncRNA通过形成R-loop结构定位到端粒】端粒是广泛存在于真核生物染色体末端的特殊结构,主要作用是保持染色体的完整性和控制细胞周期,与衰老和肿瘤的发生密切相关。研究表明,端粒区域具有转录活性,可产生一类称为TERRA (telomeric repeat-containing RNA)的长链非编码RNA (long noncoding RNA)。TERRA可...
除了这些顺式效应,APOLO还通过短序列互补介导的R-loop (DNA-RNA双链)的形成来反式调控靶基因座,从而诱导PRC1到靶基因座以调节其染色质状态(Ariel et al. 2020)。此外,光形态发生相关的lncRNA HID1(HIDDEN TREASURE1)抑制其靶基因PHYTOCHROME INTERACTING FAC-TOR 3 (PIF3)的转录活性。HID1与未知蛋白形成一个...
R-loop本身也可以招募PRC,比如ANRASSF1-lncRNA和COOLAIR-lncRNA(COOLAIR是拟南芥中冷激表达的lncRNA)。 ——这些发现反映了lncRNA与细胞内的表观遗传过程有着非常紧密的联系,它们的作用方式是复杂的,并且它们的作用存在着复杂的交叉和重叠,并彼此相互交织成为一个庞大的网络。
基于分子生物学,生物化学,细胞生物学等研究,他们发现lncRNA-Smad7可以通过(CA)12重复序列结合在Bmp2基因的启动子区,形成R-loop结构,从而抑制Bmp2基因的表达,抑制BMP信号通路,进而调控小鼠胚胎干细胞早期的命运决定过程。 LncRNA-Smad7缺...
(Polycomb factor like heterochromatin protein 1)蛋白介导 PID 启动子区域染色质环的形成, 而 RNA 聚合酶 IV/V 转录产生的 APOLO 通过促进 DNA 甲基化维持染色质环的稳定(Ariel et al., 2014).APOLO 也可通过碱基互补配对形成 DNA-RNA 双链体(R-loop 结构)识别远端靶标基因(如 WAG2, AZG2 和 RHD6),...
他们进一步鉴定到lncRNA-Smad7的相互作用蛋白hnRNPK可以结合在Bmp2基因的启动子区,很可能会促进lncRNA-Smad7在Bmp2启动子区的结合,参与调控该区域H3K27me3信号强度;lncRNA-Smad7缺失也会影响Bmp2启动子区的R-loop结构,说明lncRNA-Smad7很可能通过形成R-loop结构,参与调控Bmp2的表达。该研究充实了TGF-β信号...
有了现象就要解释结论,目前关于 lncRNA 的作用机制其实已经有不少了,比如当做一个靶点替编码基因吸引敌人,或者通过R-loop 来发挥作用。当然,如果一个现象用正常的方法很难解释,有一个挺不错的万金油就是用表观遗传学来解释,这里的万金油是个中性词,我自己就是做表观遗传的。