❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
由于长链非编码RNA(lncRNA)在人类疾病进展中发挥着关键作用,本研究旨在通过RNA测序(RNA-seq)研究ADS相关信使RNA(mRNA)和lncRNA,并基于lncRNA-mRNA共表达网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行全面的生物信息学分析。方法:最初,从三名ADS和三名接受手术的非退行性腰椎创伤患者中获得六份全血(WB)样本,进行RNA-...
7622 -- 36:53 App 【非编码RNA系列】非编码RNA基础——lncRNA 4806 1 11:05 App 【WB实验】western blotting检测信号通路操作流程,解说+演示 1264 -- 10:32 App 明显信号通路的调节机制 1973 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 1.2万 13 13:33 App 【转录调控】EMSA...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根...
lncRNA与mRNA之间的互作关系是通过庞大的蛋白质复合物实现的。在细胞核内,lncRNA可以与转录因子、RNA聚合酶II和mRNA结合,形成一种三维结构,并影响mRNA的转录和剪接过程。一些lncRNA还可以影响mRNA的降解和稳定性,从而调控基因的表达。 2. miRNA介导的调控 miRNA是一类长度约22核苷酸的小分子RNA,它们可以与mRNA的3'非...
第一步 测序确定目标lncRNA 测序获得大量表达差异数据,从中选择研究目标。 Dr.Tom 12款小工具快速挖掘,锁定目标 第二步 目标lncRNA,表达和定位 qRT-PCR或Northern Blot验证表达;RACE确定5’和3’末端序列,可获得lncRNA全长信息;FISH验证亚细胞定位。 第三步 功能表型 ...
现在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表达探针,通过将lncRNA的靶基因分析结果与芯片上mRNA的表达结果做关联分析,可以更进一步的分析lncRNA的功能。 七、信号通路调控网络构建: 实验中基因同时参与了很多Pathway,通过构建信号通路调控网络,从宏观层面看到Pathway之间的信号传递关系,在多个显著性Pathway中发现受实验影响的核心...
lncRNA是长链非编码RNA,它们不被翻译成蛋白质,而是通过与DNA、RNA或蛋白质相互作用来调控基因表达。 -转录调控:lncRNA可以作为转录因子来调控某些基因的转录活性。它们可以与DNA相互作用并改变某些基因的表达水平。 -转录后调控:lncRNA还可以通过与mRNA相互作用来调控转录后过程,包括可变剪接调控、mRNA稳定性调控和翻译...
首先,使用浏览器(推荐chrome或者edge)打开lncRNA-mRNApearson、spearman相关系数计算页面。左侧为常见作图导航,中间为数据输入框和可选参数,右侧为描述和结果示例。 http://www.bioinformatics.com.cn/basic_lncrna_mrna_pearson_spearman_coexpression_analysis_t013 ...
LncRNA:lncRNA名字 mRNA:mRNA名字 r:pearson相关系数 pvalue:p值 flag:+:正相关,-:负相关 6.过滤结果 下载结果后,使用excel的筛选功能进行过滤,这里以p<0.05,|r|>=0.4的lncRNA-mRNA对绘制共表达网络(带header共28行)。 图9.相关系数过滤 图10.P值过滤 ...