❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
lncRNA与mRNA之间的互作关系是通过庞大的蛋白质复合物实现的。在细胞核内,lncRNA可以与转录因子、RNA聚合酶II和mRNA结合,形成一种三维结构,并影响mRNA的转录和剪接过程。一些lncRNA还可以影响mRNA的降解和稳定性,从而调控基因的表达。 2. miRNA介导的调控 miRNA是一类长度约22核苷酸的小分子RNA,它们可以与mRNA的3'非...
lncRNA:长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA,在剂量补偿效应、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控中起着重要作用。 siRNA:一类约21~25nt的RNA分子,由Dicer(RNAaseⅢ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成,通过完全互补配对的方式与目标mRNA结合,引起其降解,从而导致靶基因沉默。 ceRNA:competing endogenous ...
lncRNA是长链非编码RNA,它们不被翻译成蛋白质,而是通过与DNA、RNA或蛋白质相互作用来调控基因表达。 -转录调控:lncRNA可以作为转录因子来调控某些基因的转录活性。它们可以与DNA相互作用并改变某些基因的表达水平。 -转录后调控:lncRNA还可以通过与mRNA相互作用来调控转录后过程,包括可变剪接调控、mRNA稳定性调控和翻译...
LncRNA:lncRNA名字 mRNA:mRNA名字 r:pearson相关系数 pvalue:p值 flag:+:正相关,-:负相关 6. 过滤结果 下载结果后,使用excel的筛选功能进行过滤,这里以p<0.05,|r|>=0.4的lncRNA-mRNA对绘制共表达网络(带header共28行)。 图9. 相关系数过滤 图10. P值过滤 ...
RNA libraries bring a revolution in the efficiency of functional genomics research, … Read More>> RNA qRT-PCR Detection Analysis of expression and expression difference of miRNA, mRNA, lncRNA and circRNA based on qPCR detection technology… ...
1．LncRNA简要\x0d\x0aLncRNA是一类转录本长度超过200nt的RNA，它们本身并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。生物体内含量相相当丰富，约占RNA的4-9%（mRNA约占1-2%）。LncRNA的组织特异性及特定的细胞定位，显示lncRNA受到...
通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA 肿瘤 发育 遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题 ...
网络图为筛选出的核心基因之间的关系,通过图论的方法计算出关键 lncRNA 与 mRNA,并通过关键 lncRNA 的共表达 mRNA 预测出其功能。 lncRNA 和 mRNA 共表达分析介绍 共表达网络图(Coexpression Network)是根据基因表达信号值的动态变化,计算基因间的共表达关系,得到基因间的表达调控关系及调控方向,从而构建基因的表达...
第一步 测序确定目标lncRNA 测序获得大量表达差异数据,从中选择研究目标。 Dr.Tom 12款小工具快速挖掘,锁定目标 第二步 目标lncRNA,表达和定位 qRT-PCR或Northern Blot验证表达;RACE确定5’和3’末端序列,可获得lncRNA全长信息;FISH验证亚细胞定位。 第三步 功能表型 ...