通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图...
它们也具有已证明的功能，==反式作用调节RNA来源于传统上作为mRNA 3'未翻译区域的序列==。
ceRNA网络是一个复杂的转录后调控网络,其中环状RNA (circRNA)、长链非编码RNA (lncRNA)和蛋白质编码mRNA通过至少一个共享的miRNA反应元件(MRE)与microRNA (miRNA)竞争。 由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...
“基于lncRNA-mRNA网络识别高血压相关的lncRNA及其功能”出自《国际遗传学杂志》期刊2017年第4期文献,主题关键词涉及有高血压、lncRNA、ceRNA网络等。钛学术提供该文献下载服务。
only upregulated miRNAs and downregulated mRNAs were integrated into the ceRNA network fir downregulated lncRNAs 文章数据: 1.各个数据集的DEG热图 2.GO和KEGG富集结果 3.上调lncRNAs的网络 4.下调lncRNAs的网络 5.关键lncRNA‑mRNA‑biological processes subnetwork...
目的通过生物信息学的方法构建先天性巨结肠(Hirschsprung disease,HSCR)调控网络.方法RNA测序检测HSCR组织和正常结肠组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA表达谱.结合GSE96854数据库的mRNA表达谱数据,构建lncRNA-mRNA共表达网络.各选择3个lncRNA和mRNA,采用QPCR验证RNA测序结果.结果RNA测序共筛选出...
mRNA网络,采用Gene Ontology(GO)和KEGG Pathway分析共表达网络中mRNA的生物学功能.结果:通过下一代测序技术,根据|Log_(2)FC|≥2且校正后P值<0.05标准筛选出LD组和正常对照组中共计499条上调表达的lncRNA,337条下调表达的lncRNA,以及1582条上调表达mRNA,633条下调表达的mRNA.随后,通过其中100个lncRNA与311个mRNA...