❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
结果表明,所有mRNA、lncRNA、circRNA和6个miRNA(hsa-miR-10a-5p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-214-5p、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-26a-5p和hsa- miR-486-5p)均具有良好的诊断价值(AUC>0.7,p < 0.05)(图8A-D)。Kaplan-Meier生存分...
BioWorld:外泌体(exosome)是由大多数细胞都可以分泌的纳米级的内吞囊泡,含有多种活性分子,如蛋白质、脂肪、RNA(如mRNA、miRNA、LncRNA、circRNA等),可以调节受体细胞的行为,并可作为疾病的循环生物标志物。 1983年,外泌体被人类发现,当时被认为是是细胞废弃物而未受关注,2013年,诺贝尔生理学或医学奖授予了在细胞...
miRNA-mRNA-LncRNA-circRNA原位杂交探针 miRNA原位杂交检测探针具有高度的亲和活性和高超的碱基错配识别能力,无论是组织切片、细胞,或是经过甲醛固定、石蜡包埋的标本,都能精确检测其中的miRNAs。LNA是高亲和力的核酸类似物,它能够显著提高DNA寡核苷酸的杂交效率。吉荧生物合成的原位杂交检测探针运用了LNA的设计(约掺入30...
研究人员比较公共TCGA和GEO数据库中可用的RNA测序数据,以确定在HCC和正常组织中不同水平表达的mRNA、lncRNA和circRNA,并预测差异表达(DE)circRNA和lncRNA的靶向miRNA,以构建HCC的预后circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。他们建立了一个七基因的HCC标记,并验证了预后标记中的一个中枢基因DTYMK,作为一种新的潜在生物...
BioWorld:外泌体(exosome)是由大多数细胞都可以分泌的纳米级的内吞囊泡,含有多种活性分子,如蛋白质、脂肪、RNA(如mRNA、miRNA、LncRNA、circRNA等),可以调节受体细胞的行为,并可作为疾病的循环生物标志物。 1983年,外泌体被人类发现,当时被...
非编码RNA的两大类别分别是短链的microRNA(miRNA)和长链的lncRNA。多项研究已表明,非编码RNA与多种复杂的生物过程有关,例如免疫细胞的发育和功能、免疫紊乱、神经发育和神经系统疾病。因此,非编码RNA的靶向治疗具有治疗各种疾病的希望。circRNA比线性RNA要稳定得多,许多环状s...
转录组测序是研究基因表达变化的有效手段，通过测序分析能够揭示不同条件或状态下的基因表达差异。mRNA、miRNA、lncRNA及circRNA作为转录组的重要组成部分，分别在转录调控中扮演着关键角色。mRNA测序着重于成熟mRNA的检测，其构建过程利用oligo(dT)磁珠能够特异性结合mRNA的Poly-A尾部的原理，实现总RNA中的mRNA...
全转录组测序(Transcriptome,mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA) 全转录组可以同时检测mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA,而且可结合多种RNA信息进行ceRNA整合分析,探究其潜在的调控网络机制。利用两两间关联分析和两者以上ceRNA网络调控分析,有助于缩小筛选范围,挖掘关键基因。全转录组可使用同批次样本进行不同非编码RNA的研究,大大...
一、 检测原理 全基因合成 miR 潜在结合位点上下游~500bp( LncRNA、circRNA 或 mRNA 的3’UTR)野生形式 WT 及结合位点的突变形式 Mut,克隆到 psiCHECK-2 多克隆位点处(1640-1674)(图 1),然后与 miR 的 mim…