然而，后来发现，虽然一些miRNA是由premRNAs8的内含子生成的，但是miRNA和snoRNAs的非编码初级转录本也可...
4、miRNA、lncRNA、circRNA的鉴定以及ceRNA网络的构建 通过搜索miRDB、miRWalk和TargetScan数据库,共预测出与上述8个关键基因相关的199个重叠的上游miRNA(图6A)。根据对应关系,建立了miRNA-mRNA网络(图6B)。这些预测的miRNA的表达数据在OncomiR...
预测肝硬化患者肝癌发生的候选lncRNA-miRNA-mRNA网络:综合生物信息学分析 摘要 目的：本研究通过生物信息学分析，探索潜在的竞争性内源性RNA (ceRNA)网络在肝硬化患者HCC发展中的作用。方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/...
7622 -- 36:53 App 【非编码RNA系列】非编码RNA基础——lncRNA 4806 1 11:05 App 【WB实验】western blotting检测信号通路操作流程,解说+演示 1264 -- 10:32 App 明显信号通路的调节机制 1973 -- 7:21 App 以关键分子命名的通路通常具有百搭属性,需要重点关注 1.2万 13 13:33 App 【转录调控】EMSA...
构建ceRNA网络,根据上述得到的lncRNA-miRNA-mRNA文件,连同分类及regulation,构建特征文件,cytoscape可视化ceRNAnet 所需要的文件 不变的: 1. mircode.txt 构建lnc和miRNA的关系 2. starBase_miRNA.txt 标准化miRNA 变的: 1. deg-miRNA、deg-lncRNA、deg-mRNA ...
lncRNA-miRNA-mRNA互作 lncRNA,miRNA,mRNA互作 通过lncRNA获得结合的miRNA（3个miRNA预测数据库中都存在），再获得miRNA作⽤的靶基因mRNA，靶基因mRNA与任⼀肿瘤差异mRNA取交集，交集mRNA与其相关miRNA,lncRNA作互作图，并将交集mRNA作GO和KEGG富集分析。通过lncRNA获得结合的miRNA 1.lncRNA与miRNA的区别 2.mir...
lncRNAmiRNAmicrobiotaRecent findings have identified microbiota as crucial participants in many disease conditions, including cancers. Competing endogenous RNA (ceRNA) is regarded as a candidate mechanism involving relevant biological processes. We therefore constructed a ceRNA network using the TCGA and GEO...
今天给大家介绍一种新型荧光原位杂交方法:π-FISH rainbow,该技术突破了现有技术壁垒,克服了传统FISH检测的缺陷和不足,能够精准检测到不同物种(动物、植物和病原微生物等)中各种类型RNA(mRNA 、lncRNA、miRNA等),具有杂交效率高、信号放大能力强、背景噪音低、特异性好、检测通量高、应用范围广等优势。
该课题组利用Arraystar piRNA芯片等表达谱芯片研究发现piR-30188和miR-367-3p、lncRNA OIP5-AS1 与CEBPA基因的 mRNA形成ceRNA机制,调控下游TRAF4基因表达,影响神经胶质瘤的增殖侵袭等。该研究成果发表在课题组在国际知名学术期刊Theranostics(影响因子8.766)。(芯片实验由Aksomics提供技术服务) 研究背景 成胶质细胞瘤...
lncRNA 与miRNA 之间可通过相互调控来影响肿瘤的发生发展。由于多数lncRNA的结构与mRNA 具有一定的相似性,提示miRNA可能通过类似于mRNA 的作用机制负性调控lncRNA 的表达,进而发挥一系列生物学作用。lncRNA 通过与miRNA 竞争结合靶基因mRNA 的3'-UTR,间接抑制miRNA 对靶基因的负向调控;2) 某些lncRNA 通过细胞内的...