❝ 本文简单的介绍mRNA,miRNA,lncRNA及circRNA组测序原理、生信常规分析。 ❞ 转录组测序简介 「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , piRNA, SiRNA, SnRNA,lncRNA, NAT, eRNA, circ RNA, ceRNAs等等)...
定位在细胞核的LncRNA，可以与细胞核内的DNA、RNA、蛋白质等分子相互作用，实现染色质重塑、mRNA剪接、转录调节等调控功能；定位在细胞质的LncRNA，多在转录后水平实现对编码基因的调控，调节mRNA翻译或降解等，也可以参与细胞内复杂的信号通路网格的调控。2.LncRNA的功能研究筛选出差异表达的LncRNA，并利用QPCR、FISH...
差异m6A修饰的lncRNA拆分为上调组与下调组,与差异上调、下调表达mRNA进行基因表达量进行相关性计算,获得每个dme-lncRNA(差异甲基化修饰lncRNA)的共表达基因,构建网络图,筛选潜在的m6A修饰差异的lncRNA对相关mRNA的调控关系对。 图7 lncRNA-mRNA关联网络构建 4)功能富集分析: 将筛选获得的GC相关共表达基因进行KEGG通路...
lncRNA还包括由编码和非编码转录本反向剪切产生的环状RNA,已被证明也有功能,以及反式调控RNA,通常作为mRNA的3'端非翻译区。 根据lncRNA相对于蛋白质编码基因的基因组位置和方向对其进行命名和分类。 在人类和黑腹果蝇中,许多蛋白质编码基因都有5'端外显子,在早期胚胎发育中整合到mRNA中。并位于通常的第一个外显子...
miRNA是一类长度约22核苷酸的小分子RNA,它们可以与mRNA的3'非翻译区结合,从而抑制mRNA的翻译或者促进mRNA的降解。一些研究发现,lncRNA可以通过竞争性结合miRNA,影响miRNA对mRNA的结合,从而调控mRNA的表达水平。 3. 蛋白质调控 除了调控基因的转录和剪接外,lncRNA还可以通过与蛋白质相互作用,影响蛋白质的稳定性和功能。
siRNA:一类约21~25nt的RNA分子,由Dicer(RNAaseⅢ家族中对双链RNA具有特异性的酶)加工而成,通过完全互补配对的方式与目标mRNA结合,引起其降解,从而导致靶基因沉默。 ceRNA:competing endogenous RNAs,内源竞争RNA,ceRNA可以通过应答元件(microRNA response elements,MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。
③ 充当miRNA“sponges”miRNA“sponges”即miRNA分子海绵，又名内源性竞争RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）机制，一些含有miRNA互补位点的lncRNA可以作为ceRNA调节基因表达，从而降低miRNA对mRNA的靶向作用（图5C）。潜在的竞争内源lncRNA和miRNA之间的化学计量关系是对后续靶mRNA表达的可测量效果尤为重要。该机制曾...
除了现有数据库查询和分析方式,一般需要通过FISH实验对LncRNA亚细胞定位进行辅助验证。 定位在细胞核的LncRNA,可以与细胞核内的DNA、RNA、蛋白质等分子相互作用,实现染色质重塑、mRNA剪接、转录调节等调控功能; 定位在细胞质的LncRNA,多在转录后水平实现对编码基因的调控,调节mRNA翻译或降解等,也可以参与细胞内复杂的信...
需要注意的是,因为篇幅较长,我把上下游拆开,本周将只涉及上游mRNA、lncRNA的定量,获取表达矩阵,下周再进行下游分享 我最近在学lncRNA包括上游的组装、预测和鉴定,当然这里没有鉴定新lncRNA,只对已知mRNA和lncRNA有个比对、定量 所以还是走这套流程:hisat2+stringtie ...
1.LncRNA通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有polyA尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式; 2.有组织特异性与时空特异性,不同组织之间的LncRNA表达量不同,同一组织或器官在不同生长阶段,其中的LncRNA表达量也会变化。如有人针对小鼠的1300个LncRN...