通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据表达量计算相关性以预测lncRNA的靶基因(一般要求样品数超过6个),从而研究lncRNA的功能。 图2...
lncRNA被任意定义为超过200个核苷酸(200 nt)的非编码转录本，这在生物化学和生物物理RNA纯化协议中是一...
这些结果表明,与mRNA相比,在两个蝗虫相型特异性表达的lncRNA的百分比更高,而在群居蝗虫中比散居型蝗虫中表达的lncRNAs更多。与散居型蝗虫相比,群居型蝗虫中335个lncRNA和779个mRNA的表达水平下调,而313个lncRNA和261个mRNA的表达上调[倍数变化(FC)> 2和P <0.05;图2B]。lincRNA在下调和上调的lncRNA中所占的比例...
方法：利用GEO和TCGA数据库的数据挖掘，挖掘mRNA、lncRNA和miRNA差异表达谱。在匹配的HCC队列中，RT-PCR证实了他们的表达(n = 6/组)。通过共表达分析构建ceRNA网络。它们的相互调控及其在上皮-间充质转化(EMT)过程中的作用已在细胞水平上通过功能获得和功能丧失实验得到验证。应用Kaplan-Meier法显示预后价值。结果：...
服务详情 言行生物提供各种miRNA/lncRNA/环状RNA/mRNA的共表达网络图,可以进行关联分析,从多层次深入阐述分子机制。 结果展示 1、miRNA和mRNA共表达网络图 2、lncRNA和mRNA共表达网络图 3、mRNA共表达网络图首页 联系我们 留言板 第三代测序服务 代谢组学服务 生物信息学服务 蛋白质组学服务 CRISPR/...
由中国湖北同济医学院的科学家们领导的一项新研究调查了ceRNA网络,以更好地了解HCC中复杂的基因相互作用,并确定诊断和治疗HCC的潜在生物标志物。 他们的研究结果发表在《Aging-US》杂志上的一篇题为“Comprehensive analysis of the competing endogenous circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA network and identification of a nove...
BC患者的RNA测序数据和临床特征来自Cancer Genome Atlas数据库,然后在BC组织和正常乳腺组织样品之间鉴定出差异表达的lncRNA(DElncRNA),DEmRNA和DEmiRNA。随后,建立了BC的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,并进行了ceRNA网络中与lncRNA相互作用D...
本课题的目的是识别高血压疾病相关的lncRNA并研究其在高血压中的功能,进而为高血压机制研究提供更多信息。 方法通过ceRNA理论构建全局lncRNA-mRNA网络。首先从GEO数据库中下载高血压疾病表达谱进行重注释,进而识别高血压相关差异表达基因和lncRNA,将其映射到全局lncRNA-mRNA网络上获得高血压特异的lncRNA-基因网络。对该...
显著差异的肝组织lncRNA、mRNA表达谱,并构建被DNA元素百科全书数据库(Encyclopedia of DNA Elements,ENCODE)收录的差异lncRNA-mRNA共表达网络.继而分析共表达网络中的mRNA参与的GO、KEGG;并分析与核心lncRNA高度相关的mRNA与患者生存曲线的相关性.结果 与5个ENCODE收录的差异lncRNA具有共表达关系的mRNA共有81个(相关...
lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA调控关系如Sankey图(图7H和图7I)。总共5个lncRNA、6个circRNA、8个miRNA和5个mRNA构成了ceRNA网络(图7J)。 5.关键基因在肝细胞癌中的诊断和预后价值 对ceRNA网络中的关键基因进行ROC曲线分析。结果表明,所有m...