总结来说,lncRNA与mRNA的关联思路为:第一步:通过差异分析、趋势分析等方法获得目标的lncRNA和mRNA;第二步:针对目标的lncRNA和mRNA进行关联分析,预测他们之间存在的相关关系;第三步:根据lncRNA所在链的情况、相关文献的描述、网络图的结果筛选出目标的lncRNA-mRNA关系对;第四步:对筛选出的mRNA进行富集分析,研究mRNA...
miRNA是一类长度约22核苷酸的小分子RNA,它们可以与mRNA的3'非翻译区结合,从而抑制mRNA的翻译或者促进mRNA的降解。一些研究发现,lncRNA可以通过竞争性结合miRNA,影响miRNA对mRNA的结合,从而调控mRNA的表达水平。 3. 蛋白质调控 除了调控基因的转录和剪接外,lncRNA还可以通过与蛋白质相互作用,影响蛋白质的稳定性和功能。
ceRNA调控机制是LncRNA在细胞质中起转录后调控的重要方式之一,LncRNA可以作为miRNA的“海绵”,竞争性地结合miRNA,进而影响miRNA对下游靶基因的调控。这种调控机制的一个最核心的前提是,LncRNA和某一个mRNA拥有共同的结合miRNA,导致miRNA无法与mRNA结合,从而影响mRNA的翻译和表达。关键在于LncRNA和mRNA之间的互补性越强,...
差异m6A修饰的lncRNA拆分为上调组与下调组,与差异上调、下调表达mRNA进行基因表达量进行相关性计算,获得每个dme-lncRNA(差异甲基化修饰lncRNA)的共表达基因,构建网络图,筛选潜在的m6A修饰差异的lncRNA对相关mRNA的调控关系对。 图7 lncRNA-mRNA关联网络构建 4)功能富集分析: 将筛选获得的GC相关共表达基因进行KEGG通路...
LncRNA在基因表达的时空调控中扮演着重要的角色,可对mRNA表达进行调控。VITA平台的单细胞lncRNA分析可帮助深入了解肿瘤各类细胞中,lncRNA对基因表达的调控机制。图7显示在上述两例样本中对lncRNA-mRNA的相关关系进行分析的结果,这些lncRNA-mRNA关系对揭示了特定lncRNA和mRNA在特定细胞类型中潜在的特异性相互作用,有助于...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根据...
6、lncRNA与编码蛋白基因的转录本形成互补双链，干扰mRNA的剪切，进而产生不同的剪切形式；7、lncRNA与...
7m6A甲基化对lncRNA促癌调控作用 lncRNA不仅可通过调控EMT、miRNA、铁死亡、自噬、外泌体等多种途径影响胰腺癌侵袭和转移过程,同时,lncRNA还可被M6A调控进而影响胰腺癌的恶性生物学行为。 m6A甲基化是在哺乳动物身体中对mRNA和lncRNA修饰最多的表观方式[39...
②基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶标基因,对差异表达的lncRNA靶标基因进行功能注释以及功能富集分析,如下是功能富集的GO的Barplot图和差异lncRNA的Heatmap图 ③研究lncRNA与mRNA的共表达网络的拓扑学特性,基于度筛选网络拓扑上重要的lncRNA,这些lncRNA极有可能是与研...
此外,与阴性对照细胞相比,在LBCS下调的LNCaP和LNCaP-AI细胞中,hnRNPK抗体对AR mRNA的富集明显减少(下图 D),表明AR mRNA和hnRNPK之间的相互作用依赖于LBCS。此外,我们进一步证实LBCS对AR的抑制是通过western blotting以hnRNPK依赖的方式进行的(下图 E-F)。我们观察到LBCS和hnRNPK的联合敲低比单独敲低LBCS或敲低hnRNP...