ceRNA调控机制是LncRNA在细胞质中起转录后调控的重要方式之一,LncRNA可以作为miRNA的“海绵”,竞争性地结合miRNA,进而影响miRNA对下游靶基因的调控。这种调控机制的一个最核心的前提是,LncRNA和某一个mRNA拥有共同的结合miRNA,导致miRNA无法与mRNA结合,从而影响mRNA的翻译和表达。关键在于LncRNA和mRNA之间的互补性越强,...
由于lncRNA发现较晚,功能研究不完善,因此,我们可以以mRNA为桥梁对lncRNA的功能进行推断和研究。通常将lncRNA的功能分成cis和trans两种(图2)。Cis作用的原理是lncRNA的功能与其临近mRNA相关,可以以lncRNA基因组坐标上下游100 kb的mRNA作为lncRNA的靶基因进行研究。而trans作用的原理是lncRNA与其共表达的mRNA相关,可以根...
miRNA是一类长度约22核苷酸的小分子RNA,它们可以与mRNA的3'非翻译区结合,从而抑制mRNA的翻译或者促进mRNA的降解。一些研究发现,lncRNA可以通过竞争性结合miRNA,影响miRNA对mRNA的结合,从而调控mRNA的表达水平。 3. 蛋白质调控 除了调控基因的转录和剪接外,lncRNA还可以通过与蛋白质相互作用,影响蛋白质的稳定性和功能。
采用RNA pull down、RNA-RIP(RNA Binding Protein Immunoprecipitation)、ChIRP-seq(Chromatin Isolation by RNA Purification)等方法检测与lncRNA结合的DNA、RNA、蛋白质。 采用lncRNA芯片分析技术结合mRNA对lncRNA功能进行预测,研究lncRNA trans和cis作用...
②基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶标基因,对差异表达的lncRNA靶标基因进行功能注释以及功能富集分析,如下是功能富集的GO的Barplot图和差异lncRNA的Heatmap图 ③研究lncRNA与mRNA的共表达网络的拓扑学特性,基于度筛选网络拓扑上重要的lncRNA,这些lncRNA极有可能是与研...
差异m6A修饰的lncRNA拆分为上调组与下调组,与差异上调、下调表达mRNA进行基因表达量进行相关性计算,获得每个dme-lncRNA(差异甲基化修饰lncRNA)的共表达基因,构建网络图,筛选潜在的m6A修饰差异的lncRNA对相关mRNA的调控关系对。 图7 lncRNA-mRNA关联网络构建 ...
此外,与阴性对照细胞相比,在LBCS下调的LNCaP和LNCaP-AI细胞中,hnRNPK抗体对AR mRNA的富集明显减少(下图 D),表明AR mRNA和hnRNPK之间的相互作用依赖于LBCS。此外,我们进一步证实LBCS对AR的抑制是通过western blotting以hnRNPK依赖的方式进行的(下图 E-F)。我们观察到LBCS和hnRNPK的联合敲低比单独敲低LBCS或敲低hnRNP...
定位在细胞核的LncRNA，可以与细胞核内的DNA、RNA、蛋白质等分子相互作用，实现染色质重塑、mRNA剪接、转录调节等调控功能；定位在细胞质的LncRNA，多在转录后水平实现对编码基因的调控，调节mRNA翻译或降解等，也可以参与细胞内复杂的信号通路网格的调控。2.LncRNA的功能研究筛选出差异表达的LncRNA，并利用QPCR、FISH...
③ 充当miRNA“sponges”miRNA“sponges”即miRNA分子海绵，又名内源性竞争RNA（competing endogenous RNA，ceRNA）机制，一些含有miRNA互补位点的lncRNA可以作为ceRNA调节基因表达，从而降低miRNA对mRNA的靶向作用（图5C）。潜在的竞争内源lncRNA和miRNA之间的化学计量关系是对后续靶mRNA表达的可测量效果尤为重要。该机制曾...
目前市场上的lncRNA芯片通常将lncRNA与mRNA设计在一起，RNASeq数据中也包含lncRNA, mRNA序列，因此可以通过分析lncRNA与mRNA表达相关性对lncRNA进行功能注释。 \x0d\x0a2．分析流程图\x0d\x0a\x0d\x0a3. 分析内容\x0d\x0a①计算LncRNA与mRNA表达相关性，根据设定的域值筛选lncRNA与mRNA关系...