基本格式:read_data file keyword args ...其中read_data是调用命令,file是文件名,如果还有需要追加的关键词和参数则在keyword中实现。 关于帮助文档中keyword分类: “keyword = add or offset or shift orextra/atom/typesorextra/bond/typesor extra/angle/types orextra/dihedral/typesorextra/improper/typesor ...
如果你使用add选项来向现有的模拟系统中添加原子(例如通过read_data命令添加新数据文件),在读取数据文件时,你需要确保数据文件的顺序和结构一致性。也就是说,如果你添加了新的原子或分子,extra设置需要与第一次读取数据时的设置一致。 总结: 这段话的核心内容是LAMMPS如何通过extra设置预分配内存空间,处理在模拟中新增...
1. 设置read_data命令,额外增加一种原子类型 read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子,如本例需要新增一种原子类型,命令可写为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 1. 这样就可以正常运行了。 对应的in文件为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 change_boxallzdelta050unitsbox regiontoo...
read_data 读取data文件,如果需要额外增加原子,可以在data文件名称后面 extra/atom/types 以及几个原子。 例如:read_data data.lj extra/atom/types 2 仅当指定 add 关键字时,才使用 offset 和 shift ,如果需要读取不同的data文件时,可以用这些关键字,offset可以之后跟需要二次读取的data文件增加的原子类型、键类...
read_data Fe.data 1. read_data命令支持在一个lammps代码中读取多个data文件,将不同的结构组装为一个复杂的体系。 当然,复杂体系的建模也可以在建模软件里面完成,但有些情况下,使用read_data命令会更加灵活。 比如两部分结构分别进行弛豫,达到平衡以后再组合到一起,或者两部分结构是用两种建模软件建模,分别生成data...
read_data 读取data文件,如果需要额外增加原子,可以在data文件名称后面 extra/atom/types 以及几个原子。 例如:read_data data.lj extra/atom/types 2 仅当指定 add 关键字时,才使用 offset 和 shift ,如果需要读取不同的data文件时,可以用这些关键字,offset可以之后跟需要二次读取的data文件增加的原子类型、键类...
lammps的data语法格式 lammps的data语法格式 lammps的data文件是模拟体系的核心输入文件之一。这个文件包含了模拟所需的所有原子信息、拓扑结构以及力场参数。数据文件的结构有一定格式要求，需要严格按照规范编写才能被程序正确读取。下面从生成方法、文件结构、注意事项三个方面展开详细说明。生成data文件通常有两种途径。手工...
通过read_data 或 read_restart 命令从data或restart文件读入(可包含出原子坐标之外的一些信息) 已经设置好的原子可 5、以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系. (3)settings 原子信息定义好后, 要定义一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等. 力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , ...
通过read_data 或 read_restart 命令从data或restart文件读入(可包含出原子坐标之外的一些信息) 已经设置好的原子可 5、以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系. (3)settings 原子信息定义好后, 要定义一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等. 力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , ...
fix extraallprint100${N}${V}${T}${Etotal}filedata timestep 0.002 thermo 1000 fix 1allnvttemp$x20000.2 run 120000 很简单的输入脚本,在34~35行定义了NVT系综,温度从初始温度2.5K一直升高到2000K,整个过程运行120000步。 输出的文件data中包含了所有的数据,分别是计算步,体积,温度和总能量。 将数据导...