基本格式:read_data file keyword args ...其中read_data是调用命令,file是文件名,如果还有需要追加的关键词和参数则在keyword中实现。 关于帮助文档中keyword分类: “keyword = add or offset or shift orextra/atom/typesorextra/bond/typesor extra/angle/types orextra/dihedral/typesorextra/improper/typesor ...
1. 设置read_data命令,额外增加一种原子类型 read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子,如本例需要新增一种原子类型,命令可写为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 这样就可以正常运行了。 对应的in文件为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1change_boxallzdelta050unitsboxregiontoolsphere1...
1. 设置read_data命令,额外增加一种原子类型 read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子,如本例需要新增一种原子类型,命令可写为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 1. 这样就可以正常运行了。 对应的in文件为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 change_boxallzdelta050unitsbox regiontoo...
(1) read_data data.lj read_data 读取data文件,如果需要额外增加原子,可以在data文件名称后面 extra/atom/types 以及几个原子。 例如:read_data data.lj extra/atom/types 2 仅当指定 add 关键字时,才使用 offset 和 shift ,如果需要读取不同的data文件时,可以用这些关键字,offset可以之后跟需要二次读取的da...
(3)运行All.in,读取Fe.data和Cu.data,组合为Fe-Cu界面模型,输出模型数据Fe_Cu.data。 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes #读取Fe.data read_data Fe.data extra/atom/types 1 ...
完整的data文件由头部声明和具体数据块组成。头部必须包含原子数量、原子类型数、键类型数等基础信息，这些参数决定了后续数据块的规模。例如"12atoms"表示体系共有12个原子，"3atomtypes"说明定义了3种原子类型。如果体系存在键结作用，必须明确标注"2bondtypes"这样的参数。数据块部分按固定顺序排列：原子类型定义、...
atom_style atomic boundary p p p neigh_modify delay 0 every 1 check yes ##读300k保温后的原子模型 read_data NiCrCo.data(1) extra/atom/types 1 ##表示在Ni、Cr和Co原子的基础上增加C原子 ##轧辊原子模型的读取 read_data roller.data add append offset 1 0 0 0 0 shift 0.0 0.0 -134 ...
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atom_style atomic boundary p p p neigh_modify delay 0 every 1 check yes ##读300k保温后的原子模型 read_data NiCrCo.data(1) extra/atom/types 1 ##表示在Ni、Cr和Co原子的基础上增加C原子 ##轧辊原子模型的读取 read_data roller.data add append offset 1 0 0 0 0 shift 0.0 0.0 -134 ...
LAMMPS、VMD软件的学习汇报 汇报内容 一、分子动力学的简要介绍二、Lammps软件的基本介绍三、Lammps模拟的相关命令四、VMD可视化处理软件的基础使用 一、分子动力学模拟 计算物理可分为两大类：计算求解和计算机模拟 第一原理计算：解薛定谔方程的过程 电子结构方法：H(r)E(r)方程中包含了所有的原子核及...