需要配合atom_modify first使用:如果你使用了include选项,指定的组也必须在atom_modify first命令中指定。这是因为atom_modify first命令定义了粒子在模拟中的行为和交互,include选项依赖于这个定义。 示例: 假设你有一个模型,其中大部分粒子不与其他粒子发生配对相互作用,你只需要考虑一部分原子间的相互作用,可以这样使
atom_style atomic 为设置计算粒子类型,对于普通原子类型选用atomic。需要注意的是,在反应力场计算中,atom_style 选用charge,而units选用full,即反应力场中需要考虑电荷平衡问题 atom_modify map array 表示设置和定义某些存储原子的属性 语法:atom_modify keyword values Keyword :id / map / first id value = yes或...
20. 变量调用错误，确保所有fix ID被正确识别。21. 原子ID不连续无法创建速度，使用reset_atom_ids命令解决。
设置在创建原子或从文件中读取原子之前需要定义的参数。 相关命令: units , dimension , newton , processors , boundary , atom_style , atom_modify . 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场: pair_style , bond_style , angle_style , dihedral_style , improper_style 。
atom_modifymaparraysort00 neighbor0.42bin timestep0.0001 #创建盒子 regionregblock0120060085unitsbox create_box1reg #设置原子属性 fixpropallproperty/atommolghostyes #势函数设置 pair_stylegran/hooke/history4e5NULL1e2NULL0.50 pair_coeff** #分组 ...
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...
fix myat4 all ave/time10000110000v_position_piston_right file position_piston_right.dat fix myat5 all ave/time10100010000f_mysf1[1]file force_membrane.dat #输出轨迹文件 dump mydmp all atom10000dump.xyz thermo10000run5000000
atom_modify first groupID 允许某一组原子在领域列表是作为第一个原子。 dimension N ,N=2/3 default=dimension 3 设置模拟的维度,进行 2 维模拟前要先使用该命令设置模拟盒子。该命令应在创建晶胞前。 boundary x y z, default=boundary p p p boundary p p f boundary p fs p boundary s f fm 设 ...
示例:neigh_modify include group1 表示只构建group1中原子的邻居列表。 注意:需要配合atom_modify first使用。 g. exclude 作用:关闭特定原子对之间的配对相互作用,即不将这些原子对包括在邻居列表中。 示例:neigh_modify exclude type 1 2 表示关闭类型为1和类型为2的原子之间的相互作用。 h. page 和one 作用...
atom_style atomic timestep0.001 neighbor2.0bin neigh_modify delay0every5check yes #创建Al板结构 lattice fcc4.05 region box block05020020 create_box3box create_atoms1region box #划分上下两个区域 region left block INF INF INF INF2INF region right block INF INF INF INF18INF ...