简单来说atom style定义了大类,atom type定义了大类中的小类。比如一个水分子中,所有粒子的atom_style都是full,但是在这个style下,又区分为氧原子type和氢原子type。一个模拟中可以由多个type,但是只能有一个style。atom_style定义好后就约束了data文件中具体内容。atom_style的语法是 atom_style <style> #举例:...
lattice在lammps以两种方式被应用,第一种是利用create_atoms命令在模拟框的晶格格点上创建原子,create_atom命令是给晶格格点上的基原子分配不同的原子类型;第二种是被create_box、region、velocity等命令用作距离单位。 lattice命令需要与模拟维度保持一致,style sc or bcc or fcc or hcp or diamond被用作3D问题,而...
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不同atom_style对应的data文件格式不同,下面分别介绍这三种原子类型对应的data文件格式。 1.full类型 full类型的原子类型包含的原子信息如下图所示: full类型对应的原子信息分别为:atom-ID molecule-ID atom-type q x y z nx ny nz,最后1列#C为注释,作用是注释该行原子的类型。 nx、ny、nz为可选项,主要用于...
利用LAMMPS进行分子动力学模拟的主要命令可以分为五类,本文主要介绍了第一类“粒子与盒子建模”命令的使用方法,包括命令:units, atom_style, boundary, lattice, region, create_box, create_atom。 LAMMPS命令分类: 粒子与盒子建模 初始位置与速度 相互作用势函数 ...
kspace包，rigid包，manybody包，但是无法使用atom_style full命令，运行一直存在Unrecognized atom style '...
6.atom_style命令。定义在模拟中使用的原子类型。这决定了与原子相关联的属性。在通过read_data、 read_restart、 create_box 命令设置模拟之前,必须使用此命令。 语法 atom_style style args 举例 atom_style atomic atom_style bond atom_style full atom_style body nparticle 2 10 atom_style hybrid charge ...
lammpsatom_style翻译 系统标签: lammpsatomstyle粒子eradius翻译 使用语法 atom_stylestyleargs 其中: style可取: angleoratomicorbodyorbondorchargeordipoleorelectronorellipsoidorfullorlin eormesoormolecularorperiorsphereortriorhybrid 只有body和hybrid需要设置args(具体参考原文档) 使用举例 atom_styleatomic atom_sty...
atom_style atomic boundary p p p timestep 0.001 neighbor 2 bin neigh_modify eve...
3boundary p p p # 定义边界条件,p p p 表示在三个方向上都使用周期性边界条件 4atom_style atomic # 定义原子的类型及属性 5# 读取结构文件“structure.d”,里面包含仿真结构模型的具体信息 6read_data structure.d 7## 定义原子间的作用势函数 ...