需要使用的命令当然是dump,但是需要输出xyz格式的轨迹,同时使用dump_modify进行元素映射。以下是一个例子。假设你的体系中有5个atom type,分别是1,2,3,4,5,这五个分别对应C、H、O、N、P。那么dump和dump_modify命令需要这样写 dump myDump all xyz 100 dump.xyz dump_modify myDump element C H O N P ...
neigh_modify every 1 delay 0 check yes 以上都是计算设置,每个模拟这些设置都大同小异。下面开始就是针对模拟对象的设置。 第六条命令设置原子类型,即atom_style命令。我们模拟的基本构成是原子。不同的对象粒子所具有的属性是不同的。对于某个对象,粒子不需要的属性就不需要设置,以节省内存加速计算。比如研究对象...
这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify。 输出选项由thermo,dump和restart命令设置。 1.4 运行命令 使用run命令运行分子动力学模拟。使用minimize命令执行能量最小化。 2 Lammps基础命令 2.1 echo命令 使用语法 echo none/screen/log/both 使...
初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, i...
有些量是通过compute命令计算出来的量,如compute stress/atom命令会计算出每个原子的应力,这个应力就是一个矢量。 矢量可以使用dump命令输出,具体使用方法见: 没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法 lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足...
1.`fix`:用于设置固定粒子组或边界条件的命令。 2.`atom_modify`:用于修改粒子属性,如质量、电荷等。 3.`pair_style`:设置粒子之间的相互作用模型。 4.`run`:执行模拟并更新粒子运动状态。 5.`dump`/`restart`:保存或恢复模拟结果。 五、高级功能 1.粒子相互作用模型:LAMMPS支持多种粒子相互作用模型,如Lenna...
atom_modifymaparraysort00 neighbor0.42bin timestep0.0001 #创建盒子 regionregblock0120060085unitsbox create_box1reg #设置原子属性 fixpropallproperty/atommolghostyes #势函数设置 pair_stylegran/hooke/history4e5NULL1e2NULL0.50 pair_coeff** #分组 ...
相关命令: units , dimension , newton , processors , boundary , atom_style , atom_modify . 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场: pair_style , bond_style , angle_style , dihedral_style , improper_style 。 在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过 read_data 或 ...
lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization,Atomdefinition,Settings,Runasimulation，后面的两个部分可以按照需要多次重复；(1)Initialization 在你的模拟体系定义之前,一些参数必须要被设置.相关的命令有:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify。其中，units:选择单位系统,lammps提供了lj、...