1. 删除组内或区域内原子 整组或者整个区域删除原子,直接使用group或者region关键字即可,删除原子后原子ID已经不连续,使用compress yes可对ID序号进行压缩,也就是重新排序,产生连续的原子ID。 #删除edge组内所有原子delete_atomsgroupedge#删除sphere区域内所有原子,并且不压缩IDdelete_atomsregionspherecompressno 2. 删...
lammps自带delete_atoms可以随机删除一定比例的原子,如果对孔隙或空位的形状、尺寸等有特殊需求,需要用编程的方法删除原子。 delete_atoms porosity命令可随时产生设定比例的原子,如删除50%的原子: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 delete_atoms porosity membrane0.5482793 membrane为原子组 0....
delete_atoms region sphere compress no 1. 2. 3. 4. 2. 删除重叠原子 在不同区域内填充原子,有可能会造成两区域边界部分原子重叠,产生重叠的原子之间受力过大容易飞出box,出现“lost atoms”错误。 因此,在建模时可删除重叠原子,用的命令为: delete_atoms overlap args = cutoff group1-ID group2-ID gro...
delete_atomsregiondelcompressyes或delete_atomsregiondel Compress发挥作用的前提是atom_style不为full类型。 对于金属体系来说,一般原子类型为atomic,在使用delete_atoms会默认进行ID重新排列,因此,不会出现velocity错误提示。 以下代码,原子类型为atomic,删除Cu底部原子 unitsmetalatom_styleatomiclatticefcc3.61regionboxbloc...
在lammps中,可以通过delete_atoms命令来删除原子,该命令的语法为: delete_atoms group-ID delete_bonds yes 其中,group-ID表示待删除原子所在的分子团,delete_bonds表示是否删除与被删除原子相关联的键。通过该命令,可以实现删除原子同时删除原子键的操作。 2. 在lammps中实现删除原子同时删除原子键的步骤 在lammps中...
`delete_atoms`命令有几种不同的选项可以使用,具体取决于你希望如何定义和选择要删除的分子。 以下是示例输入脚本,该脚本演示了如何删除一个指定区域内的分子: #创建原子 ... #定义要删除的区域 region delete_region block x1 x2 y1 y2 z1 z2 #选择要删除的分子类型 group delete_groupregion delete_region...
使用lammps自带命令建模时,有时候会用delete_atoms命令删除部分原子,但是在删除原子后,lammps并不一定会重新分配原子的ID,造成data文件中的原子ID序号不连续。 使用velocity命令进行温度初始化时,会提示“Atom IDs must be consecutive for velocity create …”错误。
run${delete_step} delete_atomsgroup8 variablecurrent_stepequal${current_step}+${delete_step} next...
（15）#删除中间Ni层（16）region Ni_del block INF INF INF INF 0 3 units box（17）delete_atoms region Ni_del（18）（19）#生成Graphen层（20）lattice custom 2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 &（21）basis 0.0 0.33333 0.0 &（22）basis 0...
通过交错地使用create_atoms命令和lattice命令(配置为不同晶向orientations),就可以创建晶界;联合使用create_atoms命令和delete_atoms命令,可以创建非常复杂的体系。create_atoms命令也可以在已经读入的体系中继续创建原子。在所有列举的这些情况中,都需要注意不要让新创建的原子与已经存在的原子重叠。可以使用delete_atoms...