基本格式:read_data file keyword args ...其中read_data是调用命令,file是文件名,如果还有需要追加的关键词和参数则在keyword中实现。 关于帮助文档中keyword分类: “keyword = add or offset or shift orextra/atom/typesorextra/bond/typesor extra/angle/types orextra/dihedral/typesorextra/improper/typesor ...
如果你使用add选项来向现有的模拟系统中添加原子(例如通过read_data命令添加新数据文件),在读取数据文件时,你需要确保数据文件的顺序和结构一致性。也就是说,如果你添加了新的原子或分子,extra设置需要与第一次读取数据时的设置一致。 总结: 这段话的核心内容是LAMMPS如何通过extra设置预分配内存空间,处理在模拟中新增...
read_data 读取data文件,如果需要额外增加原子,可以在data文件名称后面 extra/atom/types 以及几个原子。 例如:read_data data.lj extra/atom/types 2 仅当指定 add 关键字时,才使用 offset 和 shift ,如果需要读取不同的data文件时,可以用这些关键字,offset可以之后跟需要二次读取的data文件增加的原子类型、键类...
1. 设置read_data命令,额外增加一种原子类型 read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子,如本例需要新增一种原子类型,命令可写为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 1. 这样就可以正常运行了。 对应的in文件为: read_dataCu.lmpextra/atom/types1 change_boxallzdelta050unitsbox regiontoo...
read_data Fe.data 1. read_data命令支持在一个lammps代码中读取多个data文件,将不同的结构组装为一个复杂的体系。 当然,复杂体系的建模也可以在建模软件里面完成,但有些情况下,使用read_data命令会更加灵活。 比如两部分结构分别进行弛豫,达到平衡以后再组合到一起,或者两部分结构是用两种建模软件建模,分别生成data...
通过read_data 或 read_restart 命令从data或restart文件读入(可包含出原子坐标之外的一些信息) 已经设置好的原子可 5、以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系. (3)settings 原子信息定义好后, 要定义一系列的设置: 力场系数、模拟参数、输出选项 等. 力场系数可以通过这些命令定义: pair_style , ...
read_data data1 read_data data2 add append offsite （后面还需加extra等argue），在manul上写好的...
LAMMPS、VMD软件的学习汇报 汇报内容 一、分子动力学的简要介绍二、Lammps软件的基本介绍三、Lammps模拟的相关命令四、VMD可视化处理软件的基础使用 一、分子动力学模拟 计算物理可分为两大类：计算求解和计算机模拟 第一原理计算：解薛定谔方程的过程 电子结构方法：H(r)E(r)方程中包含了所有的原子核及...
read_data NiCrCo.data(1) extra/atom/types 1 ##表示在Ni、Cr和Co原子的基础上增加C原子 ##轧辊原子模型的读取 read_data roller.data add append offset 1 0 0 0 0 shift 0.0 0.0 -134 ###定于原子质量 mass 1 58.69 # Ni mass 2 52 # Cr ...
restart相关的命令有三个:restart,write_restart,read_restart。还有一个相关的脚本在lammps的tools目录下restart2data,可以用来将二进制的restart文件转换成可识别的文文文件,即datafile文件,可以由read_data读入。 restart命令和write_restart命令是用来写重启动文件的,区别是前者用来周期性地将系统状态写入不同的restart文...