fix 1 np rigid/npt molecule temp 300 300 100 iso 50 50 1000 对于刚体内部的各个原子,由于彼此之间并不发生相对运动,因此可以通过neigh_modify exclude、delete_bonds等命令将相互作用消除,以节省计算资源。另外,需要强调的是,fix rigid系列命令在进行刚体约束时,本身也负责动力学方程的积分,因此不能与动力学积分...
原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style, pair_coeff, pair_modify, pair_style, ...
pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置,例如newton, processors, boundary, atom_modify等。 2. Atom definition lammps提供3种定义...
fix 1 np rigid/npt molecule temp 300 300 100 iso 50 50 1000 对于刚体内部的各个原子,由于彼此之间并不发生相对运动,因此可以通过neigh_modify exclude、delete_bonds等命令将相互作用消除,以节省计算资源。另外,需要强调的是,fix rigid系列命令在进行刚体约束时,本身也负责动力学方程的积分,因此不能与动力学积分...
首先应该判断模型是否合理,把模型导入到ovito中,查看原子是否重叠。特别是聚合物或者界面体系,原子容易产生重叠,可使用delete_atoms overlap 0.1 all all删除重叠原子,然后minimize命令进行初步能量最小化。 如果结构没问题,需要验证力场参数是否准确,最简单的方法是多换几个不同力场进行测试,看能否解决问题。
units:选择单位系统,lammps提供了lj、real、metal三种单位系统；dimension:2d模拟还是3d模拟,默认是3d；boundary:边界条件：周期性边界or自由边界；atom_style:定义你的模拟体系中的原子属性,注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atomtype；还有,这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场:pair_style,bond_...
keyword可选:compress, bond, mol 举例 delete_atoms group edge delete_atoms region sphere compress no delete_atoms overlap 0.3 all all delete_atoms overlap 0.5 solvent colloid delete_atoms porosity cube 0.1 482793 bond yes 说明 该命令主要用于删除不需要的原子。可用于创建晶界,缺陷,多孔孔结构。
还有,这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style, dihedral_style, improper_style. (2) Atom definition lammps提供3种方式定义原子: ①通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入,这些文件可以包含分子拓扑结构信息. ②按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信...
1.1 LAMMPS input script 我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点: (1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令...
class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型通过pair kim 引用KIM archive的势函数杂化势能函数：multiple pair, bond, ...