在lammps中,可以通过delete_atoms命令来删除原子,该命令的语法为: delete_atoms group-ID delete_bonds yes 其中,group-ID表示待删除原子所在的分子团,delete_bonds表示是否删除与被删除原子相关联的键。通过该命令,可以实现删除原子同时删除原子键的操作。 2. 在lammps中实现删除原子同时删除原子键的步骤 在lammps中...
fix 1 np rigid/npt molecule temp 300 300 100 iso 50 50 1000 对于刚体内部的各个原子,由于彼此之间并不发生相对运动,因此可以通过neigh_modify exclude、delete_bonds等命令将相互作用消除,以节省计算资源。另外,需要强调的是,fix rigid系列命令在进行刚体约束时,本身也负责动力学方程的积分,因此不能与动力学积分...
* `delete bonds yes/no`: 类似地,此选项决定在进行随机抽离操作前是否断开现有的键结。默认值也是“yes”,但可以被设为"no",如果这不是你想要的操作方式。* `type1 type2 ...`: 在这里指定了要插入或删除的分子的类型。例如,"H2O"表示水分子。"*"符号代表所有已知的类型都会进行相应的处理。* `mode ...
一、VMD 生成lammps_data1.material_studio 生成cif文件,扩胞 2.VESTA,删除镜像原子_delete_bonds,export_data生成 xyz 文件 3.VMD… 阅读全文 LAMMPS入门教程(2)——从in文件建立讲分子动力学模拟流程 内容来自微信公众号“慕然分子模拟”上个教程讲了分子动力学模拟的起源和介绍了LAMMPS软件的功能。本期教程...
bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件（data file）中制定，这样具 体...
delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, prd, run, temper Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable 六how to discussions() 重启一个模拟。有3种方法继续长的LAMMPS程序。在同一个程序中可多次使用运行命令。每次运行都会接...
delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, prd, run, temper Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable 六how to discussions() 重启一个模拟。有3种方法继续长的LAMMPS程序。在同一个程序中可多次使用运行命令。每次运行都会接...
delete_atoms, delete_bonds, displace_atoms, displace_box, minimize, prd, run, temper Miscellaneous: clear, echo, if, include, jump, label, log, next, print, shell, variable 六how to discussions() 重启一个模拟。有3种方法继续长的LAMMPS程序。在同一个程序中可多次使用运行命令。每次运行都会接...
topo clearbonds ---deletes all bonds mol bondsrecalc top---will guess bonding from atomic radii...
Atomdefinition:create_atoms,create_box,lattice,read_data,read_restart,region,replicate;Forcefields:angle_coeff,angle_style,bond_coeff,bond_style,dielectric,dihedral_coeff,dihedral_style,improper_coeff,improper_style,kspace_modify,kspace_style,pair_coeff,pair_modify,pair_style,pair_write,special_bonds;