局部放大之后可以看到此时羟基和铜之间并没有键 此时需要使用LAMMPS的fix bond/create来创建键后写出data文件就是最终羟基化的铜表面。在运行LAMMPS的时候首先需要把data文件中的bond type的个数加一个以便生成新的bond。同时把system.in.settings中的参数拷贝到in文件后增加新添加的bond的bond_coeff。in文件如下 # --...
在lammps模拟中,交联反应的命令为fix bond/create,语法为: fixIDgroup-IDbond/createNeveryitypejtypeRminbondtypekeywordvalues...ID:fix编号,任意编号group-ID:发生交联反应的原子组bond/create:命令Nevery:每多少步尝试create-bond(交联)itype:新bond的其中一个原子类型jtype:新bond的另外一个原子类型Rmin:i-j原...
bond/create:命令 Nevery:每多少步尝试create-bond(交联) itype:新bond的其中一个原子类型 jtype:新bond的另外一个原子类型 Rmin:i-j原子间距 bondtype:新bond的类型 fix bond/create的原理是每隔一定步数检测i和j类型两原子之间的距离,根据i,j原子间距以及周围是否存在其他可能的键接原子确定两原子是否能够成键。
第一种方式是使用lammps自带的建模命令建模，比如使用region命令划分区域，create_box命令生成模拟盒子，latt...
1、第一个条件是A1\A2\B1\B2四种单体必须定义组，这个定义组是定义4个组，一种单体一个组，还是四种...
最近需要用到某个fix命令，语法：fix ID group-ID bond/create Nevery itype jtype Rmin bondtype ...
力场系数可以通过这些命令定义:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,dielectric,special_bonds.其实力场系数也可以在data文件中制定.各种模拟参数由这些命令设置:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify.fix命令是lammps中很重要的...
重叠势函数：多个对势叠加4 原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子 5 系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟...
Atom definition: create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate Force fields: angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style, improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_ ...
ReaxFF最早是van Duin在2000年前后提出，用来研究一些CH/CHO化合物，后来扩展到N、S、Si甚至金属、稀有...