下面以石墨烯为例,介绍如何在ovito中显示化学键。 (1)导入石墨烯模型 调整原子半径为0.6,如果原子半径过大,原子占据空间过多,将会影响键的显示效果,至少要调整到原子之间能够产生一定距离。 (2)选择create bonds命令 点击右上角“Add modification”,选择“create bonds”命令: (3)设置键参数 ovito显示化学键并不...
dihedral_style #举例:dihedral_style opls 第十二条命令设置special_bonds。这条命令是可选的,当有键结作用出现时,设定有键结相互作用的粒子之间是否还具有pair相互作用。一般来说,是没有的,所以这条命令一般写作: special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5 第十三条命令设置kspace_style。这条命令是可选的,当有静电...
5253#initialize xatom_f as a 5x3 float matrix54xatom_f = [[0.0forcolinrange(3)]forrowinrange(num_lines)]5556foriinrange(0,64):57xatom_f[i][0] =float(xatom[i][0])58xatom_f[i][1] = float(xatom[i][1])59xatom_f[i][2] = float(xatom[i][2])6061#bonds, A-B and ...
第一种,使用命令create_atoms在模拟盒子内的晶格阵点上创建原子。需要注意的是,使用命令create_atoms可以在一个晶格的不同格点上创建不同类型的原子。第二种,晶格沿着x,y,z三个方向的晶格间距可以被其他的命令(比如命令create_box, region, velocity)用作距离单位。 晶格类型必须要与模拟的维度(参考命令dimension)...
lattice, region, create_box, create_atoms。对已经设置好的原子可以用replicate命令复制后 生成一个更...
第一种,使用命令create_atoms在模拟盒子内的晶格阵点上创建原子。需要注意的是,使用命令create_atoms可以在一个晶格的不同格点上创建不同类型的原子。第二种,晶格沿着x,y,z三个方向的晶格间距可以被其他的命令(比如命令create_box, region, velocity)用作距离单位。 晶格类型必须要与模拟的维度(参考命令dimension)...
by using the fix bond/create command. This will pre-allocate space in LAMMPS data structures for storing the new bonds (angles, dihedrals, impropers). The "extra special per atom" setting is only needed if new molecules will be added to the system, e.g. by using the fix deposit or ...
一些命令:lattice, region, create_box, create_atoms。 ? 对已经设置好的原子可以用replicate命令复制后生成一个更大规模的计算体系。 3. Settings 原子或分子的拓扑信息定义好后,就需要制定一系列的设置,例如力场系数、模拟参数、输出选项等。 力场系数可以通过例如这样的一些命令来定义:pair_coeff, bond_coeff, ...
create_atoms.cpp create_atoms.h create_bonds.cpp create_bonds.h create_box.cpp create_box.h delete_atoms.cpp delete_atoms.h delete_bonds.cpp delete_bonds.h deprecated.cpp deprecated.h dihedral.cpp dihedral.h dihedral_deprecated.cpp dihedral_deprecated.h dihedral_hybrid.cpp dihedral_hybrid.h dih...
(2) Atom definition lammps提供3种方式定义原子: 按照晶格的方式创建原子, 相关命令: lattice, region, create_box , create_atoms . 通过read_data 或 read_restart 命令从data或restart文件读入(可包含出原子坐标之外的一些信息) 已经设置好的原子可 5、以用replicate命令复制以生成一个更大规模的模拟体系. (...