范德华仅有短程相互作用,而静电是既有短程又有长程作用,如果体系中有静电作用,那么定义完pair_style和pair_coeff,还要定义长程静电求解类型kspace_style。用在分子体系的键结相互作用分为键(bond),键角(angle),二面角(dihedral),离平面(improper)。不同的对象会包含不同的键结作用,比如水分子就只包括键和键角,...
(2)在data文件中设置 通过ms导出的data文件,自带cvff或pcff类型的势参数,可在此基础上直接修改。 第一步,同样需要在in文件中指定使用的bond势类型: bond_stylehybridharmonicfene 第二步,在data文件中每个bond的后面添加势类型,并填写对应的势参数。 如: BondCoeffs1harmonic392.80001.61502fene30.01.51.01.0 混合...
和混合对势相同,混合键势也有两种设置方法,可以在in文件中设置,也可以在data文件中设置。 (1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如包含harmonic和fene势: bond_stylehybridharmonicfene 1. 设定键势类型后,分别对不同的键设置想要的势参数就可以了,需要注意的是,在bond序号的后面需额外...
pair_style lj/cut 2.5 pair_style eam/alloy pair_style hybrid lj/charmm/coul/long 10.0 eam pair_style table linear 1000 pair_style none 8.bond_style命令—设置键类型。设置 LAMMPS 用于计算原子对之间键相互作用的公式。在 LAMMPS 中,键不同于通过pair_style 命令设置的成对相互作用。键定义在指定的原...
2.7pair_style命令 使用语法 pair_style style args style可取:none/hybrid/coul/cut... args:特点style需要设置args 使用介绍 定义模拟过程中原子间对相互作用的类型。可以通过pair_coeff命令指定相关的系数。 默认设置 pair_style none 2.8bond_style命令 ...
pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置,例如newton, processors, boundary, atom_modify等。
bond_style class2 关于两种势函数的详细设置参数,可以参考LAMMPS手册。 2.2 建模 核壳模型中,需要采用的atom_style为full。 这时,在输入的data文件中需要包含以下关键词(实际输入时需要删除尖括号) # notes: in<>is number, when input numerical values, please delete<><number of atoms>atoms<number of bonds...
atom_style:定义模拟体系中的原子属性,注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atomtype 还有,这些命令告诉lammps在模拟中使用何种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style.(2)Atomdefinition lammps提供3种方式定义原子:①通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入,...
如先写：pair_style lj/cut/coul/long 12 bond_style harmoic ...等等
然后,使用bond_style和angle_style命令定义了水分子的键和角度势函数,并设置了势函数的参数。接着,选择了溶剂分子(除水分子之外的)和随机生成了溶剂分子的初速度。设置了模拟的时间步和模拟时间,并输出了热力学信息。最后,运行了模拟。这个示例只是一个简化的示例,实际的模拟中可能包括更多的设置和步骤。