pair_style lj/cut 2.5 pair_style eam/alloy pair_style hybrid lj/charmm/coul/long 10.0 eam pair_style table linear 1000 pair_style none 8.bond_style命令—设置键类型。设置 LAMMPS 用于计算原子对之间键相互作用的公式。在 LAMMPS 中,键不同于通过pair_style 命令设置的成对相互作用。键定义在指定的原...
style可选:group, region, overlap, porosity keyword可选:compress, bond, mol 举例 delete_atoms group edge delete_atoms region sphere compress no delete_atoms overlap 0.3 all all delete_atoms overlap 0.5 solvent colloid delete_atoms porosity cube 0.1 482793 bond yes 说明 该命令主要用于删除不需要的...
atom_style='full')#导入轨迹文件traj=LoadTrajectoryModifier()traj.source.load('dump.xyz')pipeline.modifiers.append(traj)#添加键角分析pipeline.modifiers.append(BondAnalysisModifier())#计算角度分布平均值pipeline.modifiers.append(TimeAveragingModifier(operate_on='table:bond-angle-distr'))#输出计算结果...
lammps学习总结31、质子交换膜 当量质量(equivalent weight)如何理解?2、MS中AC模块number of configuration 是什么意思?3、LAMMPS命令pair_style table4、lammps中几何平均混合规则和算数平均计算规则5、LJ势函数的两种形式以及非标准形式向标准形式推导6、错误:ERROR on proc 20: Neighbor lis ...
pari_style命令一般会设置一个全局的截断半径,全局的截断半径是可以被pair_coeff命令中的截断半径重新覆盖的。在一个in文件里再次使用pair_style会抹去之前设置的所有pair_style和pair_coeff命令(pair_style table和pair_hybrid除外)。 下文将对LAMMPS的内置势函数进行概述,帮助您尽快找到适合的势函数类型:...
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bond_harmonic_shift.txt bond_harmonic_shift_cut.html bond_harmonic_shift_cut.txt bond_hybrid.html bond_hybrid.txt bond_morse.html bond_morse.txt bond_none.html bond_none.txt bond_nonlinear.html bond_nonlinear.txt bond_quartic.html bond_quartic.txt bond_style.html bond_style.txt bond_table....
12.hbondchk failed 原因是每一次步长下需要计算的原子超出了容量,可能是skin小了,步长大了,模型原子太密集了,或者温度压力控制方式damp过小。每个情况都不一样,可以尝试改变盒子大小,减小步长,检查力场参数,调整neighbor command等等。可以将 mincap 、skin以及safezone 设置增加到非常大的数字,如: ...
50 个时 间步长: read_restart tmp.restart.50 neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 timestep 0.012 run 50 请注意, 以下命令不需要重复, 因为它们的设置包含在重新启动文件中: units, atom_style,special_bonds,pair_style,bond_style...
我事先测试过 pair_style lj/cut 的 table potential 的形式，是可以正常运行的。希望有经验的朋友可以...