第八条命令设置bond_style。这条命令是可选的,根据不同的对象可定。其设置简单,没啥好说的,就是计算两个粒子通过化学键的相互作用,其语法为 bond_style <style> #举例:bond_style harmonic 第九条命令设置angle_style。这条命令是可选的,根据不同的对象可定。其设置简单,没啥好说的,就是计算相邻三个粒子的...
在以前的推文中,介绍比较多的是混合对势的写法(pair_style hybrid),其实,在同一个模拟体系内,键势类型也可以使用混合势,对应命令为bond_style hybrid。 和混合对势相同,混合键势也有两种设置方法,可以在in文件中设置,也可以在data文件中设置。 (1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如...
在以前的推文中,介绍比较多的是混合对势的写法(pair_style hybrid),其实,在同一个模拟体系内,键势类型也可以使用混合势,对应命令为bond_style hybrid。 和混合对势相同,混合键势也有两种设置方法,可以在in文件中设置,也可以在data文件中设置。 (1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如...
在通过read_data、 read_restart、 create_box 命令设置模拟之前,必须使用此命令。 语法 atom_style style args 举例 atom_style atomic atom_style bond atom_style full atom_style body nparticle 2 10 atom_style hybrid charge bond atom_style hybrid charge body nparticle 2 5 atom_style spin atom_styl...
1.1 初始化命令 设置在创建原子或从文件中读取原子之前需要定义的参数。 相关命令:units,dimension,newton,processors,boundary,atom_style,atom_modify. 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style。
atom_style: 定义模拟体系中的原子属性,这一 命令与力场设置的参数中的原子类型(atom type)不 同。 pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。
3 力场（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势： Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Born-Mayer-Huggins, Yukawa, soft, class 2 (COMPASS), 氢键, tabulated（表格）带电对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/...
相关命令: units , dimension , newton , processors , boundary , atom_style , atom_modify . 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场: pair_style , bond_style , angle_style , dihedral_style , improper_style 。 在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过 read_data 或 ...
(atom style命令) 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物,有机分子,蛋白质,DNA 联合原子聚合物或有机分子 金属 粒子材料 粗粒化介观模型 延伸球形与椭圆形粒子 点偶极粒子 刚性粒子 所有上面的杂化类型 力场: (命令:pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style) 对相互作用势...
随后,使用create_atoms命令在模拟区域内随机生成了1000个水分子。然后,使用bond_style和angle_style命令定义了水分子的键和角度势函数,并设置了势函数的参数。接着,选择了溶剂分子(除水分子之外的)和随机生成了溶剂分子的初速度。设置了模拟的时间步和模拟时间,并输出了热力学信息。最后,运行了模拟。这个示例只是一...