可见不同的力场,对1-2,1-3,1-4的处理是有不同的,特别是1-4。但LAMMPS软件是只给势函数,为了适应于大多数力场,所以提供了这个special_bonds命令,来让大家自己设置。到这里,大家该明白这个命令的功能且知道其重要性了吧。 大家用LAMMPS做全原子模拟的时候,一定要搞清楚,你用的力场如何处理1-2-3-4相互作用的...
新手们总是会困惑,LAMMPS为什么要提供special bonds这个独特的命令。因为在别的软件中,使用全原子力场,基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面,这个参数特别重要,对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说,…
第十二条命令设置special_bonds。这条命令是可选的,当有键结作用出现时,设定有键结相互作用的粒子之间是否还具有pair相互作用。一般来说,是没有的,所以这条命令一般写作: special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5 第十三条命令设置kspace_style。这条命令是可选的,当有静电作用出现时,需要加上。不同的pair_style对应...
12.special_bonds命令。为直接或通过一个或两个中间键永久键合的原子对之间的成对能量和力贡献设置加权系数。这些加权因子被LAMMPS 中几乎所有计算简单成对交互作用的成对样式所使用。通过在read_data命令读取的数据文件中定义键拓扑来指定原子之间的永久键。通常是 bond_style命令也用于定义键势。使用这些加权因子的基...
如果不希望overlap删除分子内的键合,可以使用special_bonds命令避免建立相应的邻域列表。 关键字bond不能用于使用分子模板定义的分子体系,例如命令molecule和atom_style template。 3. read_data
所以需要设置这个势的权重系数,对应的命令为: special_bonds lj/coul 00 0.5 1. 关于special_bonds命令,后续会出一篇文章详细介绍。 上面例句仅说明使用方法,OPLS具体的参数需要查文献获取,下面这两篇文献有部分参数,可自行下载查看: Development and Testing of the OPLS All-Atom Force Field on Conformational Ene...
1.3 设置命令 一旦定义了原子和分子拓扑,就可以指定多种设置:力场系数,模拟参数,输出选项等。 力场系数由这些命令中设置:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,special_bonds。 这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min...
special_bonds dreiding 4.从一个输入脚本运行多个模拟 从一个输入脚本运行多个模拟可以通过几种方式完成。 若“多次模拟”是想继续先前的模拟以获得更多的时间步长,那么只需多次使用运行命令即可。例如: units lj atom_style atomic read_data data.lj run 10000 run 10000 run 10000 run 10000 run 10000 这是对...
关于special_bonds 只看楼主 收藏回复金莉永爱 初级粉丝 1 有人知道这个问题怎么解决吗😭😭 apm只有零 铁杆会员 9 要重新编译吧 奔跑吧老邓 高级粉丝 3 同问 登录百度帐号 下次自动登录 忘记密码? 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规...
coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件(data file)中制定,这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 设置:neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_ ...