12.special_bonds命令。为直接或通过一个或两个中间键永久键合的原子对之间的成对能量和力贡献设置加权系数。这些加权因子被LAMMPS 中几乎所有计算简单成对交互作用的成对样式所使用。通过在read_data命令读取的数据文件中定义键拓扑来指定原子之间的永久键。通常是 bond_style命令也用于定义键势。使用这些加权因子的基...
bond_style harmonic angle_style charmm dihedral_style charmm pair_style lj/charmm/coul/charmm pair_style lj/charmm/coul/charmm/implicit pair_style lj/charmm/coul/long special_bonds charmm special_bonds amber DREIDING 是由戈达德集团在加利福...
special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.8333 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style fourier # --- Atom Definition Section --- read_data "system.data" # --- Settings Section --- # -- Non-bonded interactions -- pair_coeff 1 1 0.107800 3.397710 pair_coeff 1 2 0.047...
style可选:group, region, overlap, porosity keyword可选:compress, bond, mol 举例 delete_atoms group edge delete_atoms region sphere compress no delete_atoms overlap 0.3 all all delete_atoms overlap 0.5 solvent colloid delete_atoms porosity cube 0.1 482793 bond yes 说明 该命令主要用于删除不需要的...
bond_style class2 angle_style class2 dihedral_style class2 improper_style class2 pair_style lj/class2 pair_style lj/class2/coul/cut pair_style lj/class2/coul/long special_bonds lj/coul 0 0 1 DREIDING 是由加州理工学院Goddard group开发的通用力场,可用于预测有机、生物和主族无机分子的结构和动...
想问一下 运行程序时出现 warning: using a manybody potential with bonds /angles/dihedrals and special _bond exclusions 是因为啥哇? 来自Android客户端14楼2021-12-27 20:45 收起回复 无心之狮xxx 初级粉丝 1 楼主,我又来了,想问一下模拟流动的话,如果用nvt系综,这个流体的温度是不是要用compute temp...
special bond factors coul: 0 0 0.8333333333333334 3 = max # of 1-2 neighbors 6 = ...
bond_style fene special_bonds 0.0 1.0 1.0 read_data tmp.restart.data neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 timestep 0.012 reset_timestep 50 run 50 2.2d模拟 使用dimension命令定义2d模拟。 默认情况下,通过boundary命令设置z轴为周期...
力场系数由这些命令中设置:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,special_bonds。 这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify。 输出选项由thermo,dump和restart命令设置。
定义:pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_ coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_ bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件(data file)中制定,这样具 体参考read_data命令的相关介绍。 各种模拟参数可以由例如如下这样一些命令来 ...