dihedral_style #举例:dihedral_style opls 第十二条命令设置special_bonds。这条命令是可选的,当有键结作用出现时,设定有键结相互作用的粒子之间是否还具有pair相互作用。一般来说,是没有的,所以这条命令一般写作: special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5 第十三条命令设置kspace_style。这条命令是可选的,当有静电...
在LAMMPS里面,这个参数特别重要,对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说,稍有不慎,会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣,对模拟影响那么大呢(这里指全原子模拟),且听iSimuLy给你唠叨唠叨。 对于这个问题的理解,首先我们大脑里(提示大家用脑思考噢)要有个分子的模型;简单来讲,你大脑里想想如下结构: 1--...
在LAMMPS里面,这个参数特别重要,对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说,稍有不慎,会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣,对模拟影响那么大呢(这里指全原子模拟),且听iSimuLy给你唠叨唠叨。 对于这个问题的理解,首先我们大脑里(提示大家用脑思考噢)要有个分子的模型;简单来讲,你大脑里想想如下结构: 1--...
因为在别的软件中,使用全原子力场,基本不会涉及到这个概念。在LAMMPS里面,这个参数特别重要,对应使用全原子力场做模拟的LAMMPS用户来说,稍有不慎,会错的离谱。那么special bonds到底是何方神圣,对模拟影响那么大呢(这里指全原子模拟),且听iSimuLy给你唠叨唠叨。 对于这个问题的理解,首先我们大脑里(提示大家用脑思考噢...
12.special_bonds命令 13.kspace_style命令 14.read_data命令 15.pair_coeff命令 16.bond_coeff命令。 17.angle_coeff命令。 18.dihedral_coeff命令。 19.improper_coeff命令。 20.持续更新 分子动力学的基本任务就是获得研究对象不同时刻的位置和动量,然后基于统计力学知识获得想要的物理量,解释对象的性质和行为。
special_bondsfene 1. 2. 3. 4. 5. 6. 在模拟过程中,对最右侧原子施加一个随时间变化的作用力: #定义力的大小 variableextforceequal${maxforce}*step/${samplerun} #在最右侧的原子(force组)施加作用力 fixexternforceforceaddforcev_extforce00 ...
注意事项 类型overlap在使用前需要建立邻域列表,也就是需要设置pair style和neighbor命令,保证势函数的阶段半径+邻域层半径大于overlap的截断距离。如果不希望overlap删除分子内的键合,可以使用special_bonds命令避免建立相应的邻域列表。 3. read_data
special bond factors coul: 0 0 0.8333333333333334 3 = max # of 1-2 neighbors 6 = ...
想问一下 运行程序时出现 warning: using a manybody potential with bonds /angles/dihedrals and special _bond exclusions 是因为啥哇? 来自Android客户端14楼2021-12-27 20:45 收起回复 无心之狮xxx 初级粉丝 1 楼主,我又来了,想问一下模拟流动的话,如果用nvt系综,这个流体的温度是不是要用compute temp...
力场系数可以通过这些命令定义: pair_coeff, bond_coeff, angle_coeff, dihedral_coeff, improper_coeff, kspace_style, dielectric, special_bonds.注意,其实力场系数也可以在data文件中制定,详见read_data命令介绍. 各种模拟参数由这些命令设置: neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_timestep, run_style...