(1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如包含harmonic和fene势: bond_stylehybridharmonicfene 设定键势类型后,分别对不同的键设置想要的势参数就可以了,需要注意的是,在bond序号的后面需额外指定该bond对应的势类型。 如: bond_coeff1harmonic392.80001.6150bond_coeff2fene30.01.51.01.0 ...
模拟采用LJ单位,初始结构是由40个原子组成的一条链,原子之间设置键连接,共39个键。 在设置力场时,忽略pair势,只计算键的作用力,键的势函数为fene势。 #不计算非键连接原子之间的作用力 pair_stylenone #设置键的势函数为fene bond_stylefene bond_coeff150.01.50.00.0 special_bondsfene 1. 2. 3. 4. 5. ...
模拟采用LJ单位,初始结构是由40个原子组成的一条链,原子之间设置键连接,共39个键。 在设置力场时,忽略pair势,只计算键的作用力,键的势函数为fene势。 #不计算非键连接原子之间的作用力pair_stylenone#设置键的势函数为fenebond_stylefenebond_coeff150.01.50.00.0special_bondsfene 在模拟过程中,对最右侧原子施加...
和混合对势相同,混合键势也有两种设置方法,可以在in文件中设置,也可以在data文件中设置。 (1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如包含harmonic和fene势: bond_stylehybridharmonicfene 1. 设定键势类型后,分别对不同的键设置想要的势参数就可以了,需要注意的是,在bond序号的后面需额外...
atom_style bond pair_style lj/cut 1.12 pair_modify shift yes bond_style fene special_bonds 0.0 1.0 1.0 read_data tmp.restart.data neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 ...
bond_style harmonic 这两种键函数有什么区别，我在聚合物粗粒化模拟的相关文献中看到有的时候用fene...
bond_style fene special_bonds 0.0 1.0 1.0 read_data tmp.restart.data neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 timestep 0.012 reset_timestep 50 run 50 2.2d模拟 使用dimension命令定义2d模拟。 默认情况下,通过boundary命令设置z轴为周期...
4、粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场:(命令: pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace)style 对相互作用势: L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated. 带点对相互作用势: Coulombic, point-dipole....
3 力场（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势： Lennard-Jones, Buckingham, Morse, Born-Mayer-Huggins, Yukawa, soft, class 2 (COMPASS), 氢键, tabulated（表格）带电对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/...
special_bonds fene read_data data.chain neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 bond_style fene bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0 pair_style lj/cut 1.12 pair_modify shift yes pair_coeff 1 1 1.0 1.0 1.12 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 ...