(1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如包含harmonic和fene势: bond_stylehybridharmonicfene 设定键势类型后,分别对不同的键设置想要的势参数就可以了,需要注意的是,在bond序号的后面需额外指定该bond对应的势类型。 如: bond_coeff1harmonic392.80001.6150bond_coeff2fene30.01.51.01.0 ...
模拟采用LJ单位,初始结构是由40个原子组成的一条链,原子之间设置键连接,共39个键。 在设置力场时,忽略pair势,只计算键的作用力,键的势函数为fene势。 #不计算非键连接原子之间的作用力pair_stylenone#设置键的势函数为fenebond_stylefenebond_coeff150.01.50.00.0special_bondsfene 在模拟过程中,对最右侧原子施加...
模拟采用LJ单位,初始结构是由40个原子组成的一条链,原子之间设置键连接,共39个键。 在设置力场时,忽略pair势,只计算键的作用力,键的势函数为fene势。 #不计算非键连接原子之间的作用力 pair_stylenone #设置键的势函数为fene bond_stylefene bond_coeff150.01.50.00.0 special_bondsfene 1. 2. 3. 4. 5. ...
和混合对势相同,混合键势也有两种设置方法,可以在in文件中设置,也可以在data文件中设置。 (1)在in文件中设置 在in文件中,首先设置一共混合几种键势类型,如包含harmonic和fene势: bond_stylehybridharmonicfene 1. 设定键势类型后,分别对不同的键设置想要的势参数就可以了,需要注意的是,在bond序号的后面需额外...
atom_style bond pair_style lj/cut 1.12 pair_modify shift yes bond_style fene special_bonds 0.0 1.0 1.0 read_data tmp.restart.data neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 ...
(atom style命令) 原子 粗粒化粒子 全原子聚合物,有机分子,蛋白质,DNA 联合原子聚合物或有机分子 金属 粒子材料 粗粒化介观模型 延伸球形与椭圆形粒子 点偶极粒子 刚性粒子 所有上面的杂化类型 力场: (命令:pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style) 对相互作用势...
bond_stylefene bond_coeff130.01.51.01.0 pair_stylelj/cut1.12pair_modifyshiftyespair_coeff111.01.01.12 19 20 21 22 23 24 25 26 27 fix1allnve fix2alllangevin1.01.010.0904297 thermo100 timestep0.012 restart50tmp.restart#writerestartfileperiodicllyrun100 #write_restarttmp*.restart#writerestartfileof...
atom_style bond special_bonds fene read_data data.chain neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 bond_style fene bond_coeff 1 30.0 1.5 1.0 1.0 pair_style lj/cut 1.12 pair_modify shift yes pair_coeff 1 1 1.0 1.0 1.12 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 thermo...
bond_style fene special_bonds 0.0 1.0 1.0 read_data tmp.restart.data neighbor 0.4 bin neigh_modify every 1 delay 1 fix 1 all nve fix 2 all langevin 1.0 1.0 10.0 904297 timestep 0.012 reset_timestep 50 run 50 2.2d模拟 使用dimension命令定义2d模拟。 默认情况下,通过boundary命令设置z轴为周期...
WARNING: FENE bond too long: 100093 3105 3106 1.64546 (../bond_fene.cpp:91)...