简单来说atom style定义了大类,atom type定义了大类中的小类。比如一个水分子中,所有粒子的atom_style都是full,但是在这个style下,又区分为氧原子type和氢原子type。一个模拟中可以由多个type,但是只能有一个style。atom_style定义好后就约束了data文件中具体内容。atom_style的语法是 atom_style <style> #举例:...
① atom_style命令用来定义模拟过程中原子的类型 ② 语法:atom_style style args style 为amoeba or angle or atomic or body or bond or charge or dipole or dpd or edpd or electron or ellipsoid or full or line or mdpd or molecular or oxdna or peri or smd or sph or sphere or or bpm/sphere...
6.atom_style命令。定义在模拟中使用的原子类型。这决定了与原子相关联的属性。在通过read_data、 read_restart、 create_box 命令设置模拟之前,必须使用此命令。 语法 atom_style style args 举例 atom_style atomic atom_style bond atom_style full atom_style body nparticle 2 10 atom_style hybrid charge b...
lammps atom_style翻译 使用语法 atom_style style args 其中：▪style可取：angle or atomic or body or bond or charge or dipole or electron or ellipsoid or fullor line or meso or molecular or peri or sphere or tri or hybrid ...
相关命令: units , dimension , newton , processors , boundary , atom_style , atom_modify . 如果力场参数出现在将要读取的文件中,则这些命令会告诉LAMMPS使用哪种力场: pair_style , bond_style , angle_style , dihedral_style , improper_style 。 在LAMMPS中定义原子的方式有3种。通过 read_data 或 ...
atom_stylecharge 1. 设置pair_style pair_stylereax/clmp_control 1. 其中,reax/c为反应势类型说明,lmp_control为输出控制文件,如果不需要对输出进行控制,可设置为NULL,如: pair_stylereax/cNULL 1. 设置pair_coeff 参数设置和其它力场设置差不多,ffield.reax.cho为力场文件,后面列出原子类型即可: ...
例如,可以使用"atom_style"命令定义原子的类型,然后使用"bond_style"和"angle_style"命令定义键和角的类型。接下来,需要在输入文件中创建高分子链的拓扑结构,包括原子的坐标和键的连接关系。这可以通过使用"create_atoms"和"create_bonds"等命令来实现。 一旦模拟运行完成,可以使用LAMMPS的输出文件来显示高分子链的...
atom_style: 定义模拟体系中的原子属性,这一 命令与力场设置的参数中的原子类型(atom type)不 同。 pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。
atom_style:定义模拟体系中的原子属性,注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atomtype 还有,这些命令告诉lammps在模拟中使用何种力场:pair_style,bond_style,angle_style,dihedral_style,improper_style.(2)Atomdefinition lammps提供3种方式定义原子:①通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入,...
class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型通过pair kim 引用KIM archive的势函数杂化势能函数：multiple pair, bond, ...