下面以石墨烯为例,介绍如何在ovito中显示化学键。 (1)导入石墨烯模型 调整原子半径为0.6,如果原子半径过大,原子占据空间过多,将会影响键的显示效果,至少要调整到原子之间能够产生一定距离。 (2)选择create bonds命令 点击右上角“Add modification”,选择“create bonds”命令: (3)设置键参数 ovito显示化学键并不...
这些设置在LAMMPS 数据文件中用于指定当模拟运行时,是否会向系统中添加新的键(bonds)、角度(angles)、二面角(dihedrals)和失配(impropers)。 例如,如果使用fix bond/create命令来创建新的键,就需要指定这些设置。 这些设置会预分配内存空间,以便存储新的键、角度、二面角和失配。 替代方法: 这段话提到extra bond pe...
Create Bonds and Angles for LAMMPS's input kkk 1#!/usr/bin/python2#python 2.73text_all =[]4xatom_tmp =[]5xatom =[]6bond =[]7double_bond =[]8i =09j =010dd = 0.011#lattice constant12a = 10.8613b = 10.8614c = 10.861516defisBond(list1, list2):17#i = -1 0 1, j = -1 0...
控制命令:atom_modify, atom_style, boundary, comm_modify, comm_style, compute, compute_modify, create_atoms, create_bonds, create_box, dimension, displace_atoms, dump, dump_modify, echo, fix, group, include, lattice, log, mass, neigh_modify, neighbor, newton, pair_coeff, pair_modify, pair...
bond/break - break bonds on the fly bond/create - create bonds on the fly bond/swap - Monte Carlo bond swapping box/relax - relax box size during energy minimization deform - change the simulation box size/shape deposit - add new atoms above a surface ...
bonds等。实际上力场系数也可以在关于体系的原子 坐标之类的信息的文件（data file）中制定，这样具 体...
by using the fix bond/create command. This will pre-allocate space in LAMMPS data structures for storing the new bonds (angles, dihedrals, impropers). The "extra special per atom" setting is only needed if new molecules will be added to the system, e.g. by using the fix deposit or ...
3 = max bonds/atom scanning angles ...9 = max angles/atom scanning dihedrals ...20 = max ...
力场系数由这些命令中设置:pair_coeff,bond_coeff,angle_coeff,dihedral_coeff,improper_coeff,kspace_style,special_bonds。 这些命令设置了各种模拟参数:neighbor,neigh_modify,group,timestep,reset_timestep,run_style,min_style,min_modify。 输出选项由thermo,dump和restart命令设置。
create_box的语法为: create_box N region-ID keyword value 1. 其中,N为盒子内包含的原子个数,region-ID为区域名称。 1. 创建正交box 创建一个模拟盒子之前必须先创建一个区域,在此区域的基础上创建盒子。 例如创建一个大小为101010的立方区域,名称为mybox。以mybox尺寸创建box,box内含有1种原子。