如果使用MS AC模块建模,有一部分原子会在盒子外面,导出之后会自动折叠到盒子内部。 这种data文件,在lammps中就不能修改盒子的尺寸,不能增加真空层,也不能修改边界条件,否则就会出现下面的情况: 当用ovito查看data文件,存在“毛刺状”结构,键被拉长,在模拟的时候就会提示“bond atoms missing”,并且是在第0步就会出...
如果使用ms建模,聚合物的链会伸出到盒子外面,在导出data文件后,盒子外面的原子被周期性算法折叠进盒子对面,这就造成了边界附近的bond原子可能被分布到了盒子的两侧。 如果这种结构需要增加真空层、改变边界条件或者和其他结构组合到一起,都会造成边界处的键被拉长或者切断,从而造成“bond atoms missing”错误。 解决这...
虽然两个原子在拓扑关系上有bond连接,但是此bond形同虚设,并不能起到连接两个原子的作用。 当其中一个原子在外力作用下移动到较远的地方时,bond被拉伸的过长,lammps会认为该bond已经断裂,提示“bond atoms missing”错误。 解决的办法: 把参数为0的“bond coeff"修改为正确的参数即可,具体参数可参考论文或通过其...
lammps手册解释是Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld。One or both of 2 atoms ...
在lammps模拟聚合物时,经常出现的一个错误是“bond missing”,也就是“键丢失”错误。 出现这种错误的直接原因是某个键两端的原子距离过大,使键被过度的拉长,或者其中一个原子直接飞出box,lammps已经找不到这个键的拓扑关系,此时就会出现“bond missing”错误提示,模拟中断。
用ms构建si和水结构，在生成data文件，但是运行lammps总是出现：bond atoms 1059 1065 missing on proc ...
虽然两个原子在拓扑关系上有bond连接,但是此bond形同虚设,并不能起到连接两个原子的作用。 当其中一个原子在外力作用下移动到较远的地方时,bond被拉伸的过长,lammps会认为该bond已经断裂,提示“bond atoms missing”错误。 解决的办法: 把参数为0的“bond coeff"修改为正确的参数即可。
一点问题也没有；但是一旦将模型提交到集群里并行运算时候，就会出现bond atoms missing 的错误。请问有...
missing on proc 7 at step 1 (src/ntopo_bond_all.cpp:61)Last command: run ${Nnvt} ...
lammps手册解释是Bond atoms %d %d missing on proc %d at step %ld。One or both of 2 atoms ...