最后测的片段称为 Read 2,也就是上图中 Pd2 SP 之前的 DNA Insert 序列。 上一步的测序的产物全部被清洗掉,之后辉形成与 Read 1 中桥扩增相同的聚集。留下与流动池表面共价结合的片段拷贝,呈混合取向。 这次是切割 P7 而不是 P5,导致只包含由 P5 区域附着的片段的聚集。这确保所有拷贝都按相反于 Read 1...
这就是我们常说的Read1和Read2了,这里就简单说一下Read2是怎样产生的了:接着上面的图,同样的我们再进行一次桥式PCR,这时候flowcell上的P5接头也会“长出”一些序列,然后我们这次洗掉连接在P7上的序列,上下的就只有P5连接的序列了,再把Read2的测序引物加进去就能测得Read2了。 文库结构——到底什么是adapter?...
5'-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC-3' Illumina P7 Sequence: 5'-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT-3' 接头序列中的测序引物区域一般为 Truseq Read 1 + Truseq Read 2 或者 Nextera Read 1 + Nextera Read 2。但这种组合也可混合不同类型,例如左侧使用 Truseq Read 1,而在右侧使用 Nextera Read 2。或者,在...
文库构建的秘密</大部分illumina文库构建采用Y型接头连接模板链，首先在模板链的A端添加接头，然后通过碱基互补配对将Y型接头连接上。在构建过程中，P5和P7序列被巧妙地利用，它们的互补序列P5'和P7'在flowcell上发挥关键作用。模板链的正义链5'端连接P5、i5-index和read1测序引物，3'端则连着read2测序...
从1开始。不能分配到确定样本的read会归到S0（Undetermined_S0） 第三部分：L00 ，泳道lane的编号 第四部分：R，R1表示read1，R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ，只有这个地方不同 第五部分：001，通常为001 Each entry in a FASTQ file consists of ...
SequencingBySynthesis2ndRead Read2边合成边测序 SequencingPairedEndLibrarieswithSingleIndexRead 单标签(SingleIndex)双末端测序 1 2 3 MultiplexSequencingUtilizes3SequencingReads SingleIndexSequencingUtilizes3SequencingReads 单index双末端测序使用3种测序引物,3次序列读取 SequencingwithPairedEnds 双末端测序(单标签) 正...
Read1和Read2测序引物结合区 Index用来区分不同样本 Illumina测序流程 DataAnalysis数据分析 Sequencing测序 ClusterGeneration簇生成 LibraryPreparation文库制备 测 序 流 程 什么是flowcell? Flowcell即流动槽,如载玻片大小,有8个通道 即8条lane。 1.SingleDNAlibrariesarehybridizedtoprimer ...
课程结束时：–清楚了解Illumina测序流程中的主要步骤–能够描述簇生成（ClusterGeneration）的过程–理解边合成边测序（SequencingbySynthesis）的原理 2Part#15045845_Rev.C FORRESEARCHUSEONLY IlluminaSequencingWorkflowIllumina测序流程 LibraryPreparation文库制备 ClusterGeneration簇生成 cBotMiSeqNextSeqHiSeq2500-Rapid Sequen...
有两种Adaptors，分别为Adaptor1 （50bp） 和Adaptor2 （53bp）。其中Adaptor1（5’ illumina Primer1 sequence （29bp）+ Tn5 Read1 sequence（14bp）（再延伸到ME里面7bp）3’），Adaptor2（5’ illumina Primer2 sequence（24bp）+ barcode sequence （8bp）+ Tn5 Read2 sequence （15bp）（...
FASTQ文件通常由四个部分组成:序列标识(Sequence Identifier),碱基序列(Sequence),注释(Optional Comment),质量分数(Quality Scores)。 序列标识(Sequence Identifier): 以'@'开头,后跟唯一的标识符,通常是文库中DNA片段的名称或序号。 有时候,还会包括其他信息,如读取的方向(例如,/1 表示第一条读取,/2 表示第二...