最后测的片段称为 Read 2,也就是上图中 Pd2 SP 之前的 DNA Insert 序列。 上一步的测序的产物全部被清洗掉,之后辉形成与 Read 1 中桥扩增相同的聚集。留下与流动池表面共价结合的片段拷贝,呈混合取向。 这次是切割 P7 而不是 P5,导致只包含由 P5 区域附着的片段的聚集。这确保所有拷贝都按相反于 Read 1...
FASTQ文件通常由四个部分组成:序列标识(Sequence Identifier),碱基序列(Sequence),注释(Optional Comment),质量分数(Quality Scores)。 序列标识(Sequence Identifier): 以'@'开头,后跟唯一的标识符,通常是文库中DNA片段的名称或序号。 有时候,还会包括其他信息,如读取的方向(例如,/1 表示第一条读取,/2 表示第二...
这就是我们常说的Read1和Read2了,这里就简单说一下Read2是怎样产生的了:接着上面的图,同样的我们再进行一次桥式PCR,这时候flowcell上的P5接头也会“长出”一些序列,然后我们这次洗掉连接在P7上的序列,上下的就只有P5连接的序列了,再把Read2的测序引物加进去就能测得Read2了。 文库结构——到底什么是adapter?...
1、1Illumina测序的原理和应用2Illumina测序流程 Data Analysis 数据分析 Sequencing 测序 Cluster Generation 簇生成 Library Preparation 文库制备测序流程3Adapter and Library 接头和文库接头:与flow cell结合区Read1和Read2测序引物结合区Index 用来区分不同样本4Illumina测序流程 Data Analysis 数据分析 Sequencing 测序...
Illumina P7 Sequence: 5'-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT-3' 接头序列中的测序引物区域一般为 Truseq Read 1 + Truseq Read 2 或者 Nextera Read 1 + Nextera Read 2。但这种组合也可混合不同类型,例如左侧使用 Truseq Read 1,而在右侧使用 Nextera Read 2。或者,在左侧使用 Nextera Read 1,在右侧使用 Tru...
文库构建的秘密</大部分illumina文库构建采用Y型接头连接模板链，首先在模板链的A端添加接头，然后通过碱基互补配对将Y型接头连接上。在构建过程中，P5和P7序列被巧妙地利用，它们的互补序列P5'和P7'在flowcell上发挥关键作用。模板链的正义链5'端连接P5、i5-index和read1测序引物，3'端则连着read2测序...
第四部分:R,R1表示read1,R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ,只有这个地方不同 第五部分:001,通常为001 fastq格式 Each entry in a FASTQ file consists of four lines: • Sequence identifier • Sequence • Quality score identifier line (consisting of a +) ...
有两种Adaptors，分别为Adaptor1 （50bp） 和Adaptor2 （53bp）。其中Adaptor1（5’ illumina Primer1 sequence （29bp）+ Tn5 Read1 sequence（14bp）（再延伸到ME里面7bp）3’），Adaptor2（5’ illumina Primer2 sequence（24bp）+ barcode sequence （8bp）+ Tn5 Read2 sequence （15bp）（...
i7 sequence:有两种Adaptors，分别为Adaptor1 （50bp） 和Adaptor2 （53bp）。其中Adaptor1（5’ illumina Primer1 sequence （29bp）+ Tn5 Read1 sequence（14bp）（再延伸到ME里面7bp）3’），Adaptor2（5’ illumina Primer2 sequence（24bp）+ barcode sequence （8bp）+ Tn5 Read2 sequence ...
加入read2的引物,由上往下开始测序, R2测序与R1测序过程相同 7.PE150测序数据格式 PE150测序结果文件通常会被命名为*_1.fq.gz和*_2.fq.gz, 下文示例为NCBI下载的SRR26864896 fastq文件格式 第一行:序列标识行,以“@”符号开头,后面紧跟着序列的描述信息序列标识行。这个序列标识符是每条read的唯一标识符,在同...