该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
hisat2_extract_splice_sites.py sheep.gtf > ss.txt #该命令运行所需内存很大超过200G hisat2-build -p 6 --ss ss.txt --exon exons.txt sheep.fa sheep #电脑配置不够可以采用精简命令(8G足矣): hisat2-build -p 6 sheep.fa sheep #当使用精简命令后,在比对时要加入--known-splicesite-infile s...
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
总体上，无需比对的转录本定量工具非常高效，而使用高效比对器如HISAT2的StringTie是最高效的基于比对的...
hisat2构建索引 代码语言:javascript 复制 mkdir reference mv Arabidopsis_thaliana* reference cd reference hisat2-build Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa tair10 hisat2比对 代码语言:javascript 复制 SEQLIBS=(EE_Rep1 EE_Rep2 EE_Rep3 wt_Rep1 wt_Rep2 wt_Rep3) for seqlib in ${SEQLIBS...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...
使用hisat2+stringtie对sra进行转录组定量 在linux服务器上sra数据的有参转录组定量分析,使用sratoolkit进行sra数据转换,使用trimmomatic进行read修剪,再使用hisat2进行比对,samtools进行sorting,最后使用stringtie进行定量。 欢迎大家批评指正,转载请标明出处:https://www.ivistang.com/articles/312 (opens new window) ...
在运行hisat2时,可以通过–known-splicesite-infile指定splice的位置,但HISAT2提到,在build的时候加入splice site更好,所以在build之前,需要准备记录splice sites和exons的文件。HISAT2自带通过基因组gft注释文件提取splice site和exon的脚本。 gtf 文件来自
Hisat2+stringtie+ballgown #加载module中的hisat2 module load RNAseq_hisat2 在下面操作开始前,需先进性mkdir文件的创建,输入和输出的文件前面都加上了文件的绝对路径,例如:/home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/ #建索引:hisat2-build hisat2-build /home/sisc/ref_genome/Bol_kaleZHn/Bol_kaleZHn.dna....