该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的,主要用到以下三个软件: 1. 软件介绍 1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进...
perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
stringtie -e -B -p 6 -G black_stringtie_merged.gtf -o sec_gtf/sample_1C/str_1C.gtf 1C.sorted.bam 第二种情况: #不经过融合多个样本的结果这一步骤后,可以很好的避免差异分析中大量的STRING.xxx stringtie -e -B -p 6 -G sheep.gtf -o third_gtf/th_1C.gtf 1C.sorted.bam #后续用dese...
使用stringtie进行转录本定量 stringtie A149od_1_hg38_aligned_sort.bam-o A149od_1_hg38_transcript.gtf-e-G/home/txm/genome/gencode.v38.annotation.gtf-A A149od_1_hg38_abundance.tsv-p10 输出的tsv文件即可用于下游分析 参考 http://www.aais.pku.edu.cn/clshpc/quession/shownews.php?id=109...
stringtie -e -B -p 4 wt_Rep1.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep1/athaliana_wt_Rep1 stringtie -e -B -p 4 wt_Rep2.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep2/athaliana_wt_Rep2.count -A athaliana_wt_Rep2/wt_Rep2_gene_abun.out stringtie -e...
在linux服务器上sra数据的有参转录组定量分析,使用sratoolkit进行sra数据转换,使用trimmomatic进行read修剪,再使用hisat2进行比对,samtools进行sorting,最后使用stringtie进行定量。 欢迎大家批评指正,转载请标明出处:https://www.ivistang.com/articles/312 (opens new window) # 准备工作 # 安装miniconda wget -c https...
转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file: $ extract_splice_sites.py gemome.gtf >genome.ss#得到剪接位点信息...
conda install -c bioconda sra-tools hisat2 stringtie -y ###下载trimmomatic并解压 wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip unzip Trimmomatic-0.39.zip 注:如果调用samtools出现如下报错:samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0:...
Ballgown根据实验条件，分析并统计基因、转录本的差异表达。技术细节Hisat2比对与Samtools处理：通过脚本将sam文件转换为bam文件，作为StringTie的输入。StringTie组装与预测新基因：使用StringTie组装转录组，生成gtf文件记录转录本信息，合并为单个gtf文件，与已知注释文件比较筛选新基因。筛选新基因：通过GTf文件...
一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程（Hisat2-Stringtie-Count），此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM等流程。二、软件的安装 1. Conda软件安装 conda是常用的软件安装和管理软件，操作简单、便捷。2. 下载对应的版本 ...