stringtie -e -B -p 6 -G sheep.gtf -o third_gtf/th_1C.gtf 1C.sorted.bam #后续用deseq2分析则需要该命令转化成deseq2可输入文件;用ballgown可忽略 prepDE.py -i deseq2_pre.txt -g black_deseq2_gene.txt -t black_deseq2_trans.txt 5. 分组差异表达分析 deseq2包的差异表达分析: #读...
nohup stringtie -p 4 -G ~/Rna-seq-SRP200940/GRCh37/genome.gtf -o ${i}.gtf -l ${i} ${i}.sort.bam & done 7.将所有转录本合并 所有的转录本都被呈递给StringTie的merge函数进行merge,这一步是必须的,因为有些样本的转录本可能仅仅被部分reads覆盖,无法被StringTie组装出来。merge步骤可以创建出所有...
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合,感觉还是蛮好用的,deseq2的功能颇多,hisat2+stringtie的处理速度又快,是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。 hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ...
Stringtie的输出类型是FPKM,而DESeq2的输入要求是count。所以要多一步转换,stringtie官方是给出一个python脚本的——prepDE.py(http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#deseq)。这个脚本官网的意思是来自一个实习的高中生(先敬个礼),16年写出以后是没有更新过的,至今也要在python2的环境下...
且随着真实阳性对数2倍变化阈值的增加，其优势更为明显。综上所述，综合性能指标和软件组合方式的评估结果显示，DESeq2是最好的选择，而Ballgown的准确性始终相对较低。因此，对于希望深入学习bulk RNA-seq数据分析的研究者来说，这篇文章提供了一个宝贵的参考，强调了选择正确工具的重要性。
hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于RNA-seq数据的比对,hisat2使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。下面简单介绍如何使用hisat2进行转录组的数据比对。 1)下载和安装 2)建立索引 和其他的比对软件一样,hisat2也需要建立自己的索引,我们可以下载官方已经建立好的索引(如H. sapiens索引): ...
deseq2transcriptomehisat2oysterstringtie UpdatedDec 24, 2021 R mppl1/RNAseq_preprocessing Star3 These are tutorials on a subset of tools available for processing raw RNAseq data. This if for HISAT2_SAMtools_Stringtie_gffcompare_ballgown pipeline or HISAT2_SAMtools_Stringtie_PrepDEanalysis.py_DE...
hisat2官网为ccb.jhu.edu/software/hi...，你可以通过官网获取更多信息。早期的RNAseq分析常用tophat+cufflinks，但如今，DEseq和edgeR等R包成为了主流分析手段。2016年，作者推出hisat+StringTie+Ballgown的组合方案，这套工具链成为RNAseq分析的新标准，其在比对、拼接和定量分析上表现出色。下载安装hisa...
# and you can use them for DESeq/edgeR analysis # Run the differential expression analysis protocol using 'Ballgown' 这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理...
其实这个hisat2+stringtie+ballgown流程还挺出名的, 引用早就破千了,如下: 我看到一个GitHub分享了简单shell代码,见:https://gist.github.com/mbk0asis/ac3309450f9648e98bec034377beba46 # For RNA-seq reads, use "--dta/--downstream-transcriptome-assembly"# the command is similar to 'bowtie2'$ hi...