stringtie -p 10 -G Mus_musculus.GRCm38.102.gtf -l test1 -o test1.gtf test1.sorted.bam5. 注释文件合并# 创建 mergelist.txt 文件,指明组装后注释文件的路径 path/to/test1.gtf path/to/test2.gtf path/to/test3.gtf # 合并gtf文件 $ stringtie --merge -p 10 -G ./Mus_musculus.GRCm...
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合,感觉还是蛮好用的,deseq2的功能颇多,hisat2+stringtie的处理速度又快,是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。 hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ...
Stringtie的输出类型是FPKM,而DESeq2的输入要求是count。所以要多一步转换,stringtie官方是给出一个python脚本的——prepDE.py (ccb.jhu.edu/software/st)。这个脚本官网的意思是来自一个实习的高中生(先敬个礼),16年写出以后是没有更新过的,至今也要在python2的环境下运行。但是直到19年2月份stringtiev.1.3.6...
RNA_seq流程 hisat2 stringtie deseq2 技术标签: linux一.原始数据的下载 1.下载测序结果 2.下载参考的基因组和注释 https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/IWGSC_RefSeq_Annotations/v1.0/iwgsc_refseqv1.0_HighConf_2017Mar13.gff3.zip https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/IWGSC_RefSeq...
These are tutorials on a subset of tools available for processing raw RNAseq data. This if for HISAT2_SAMtools_Stringtie_gffcompare_ballgown pipeline or HISAT2_SAMtools_Stringtie_PrepDEanalysis.py_DESeq2 pipeline hisat2differential-gene-expressiontranscriptome-assemblystringtiernaseq-pipeline ...
且随着真实阳性对数2倍变化阈值的增加，其优势更为明显。综上所述，综合性能指标和软件组合方式的评估结果显示，DESeq2是最好的选择，而Ballgown的准确性始终相对较低。因此，对于希望深入学习bulk RNA-seq数据分析的研究者来说，这篇文章提供了一个宝贵的参考，强调了选择正确工具的重要性。
hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于RNA-seq数据的比对,hisat2使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。下面简单介绍如何使用hisat2进行转录组的数据比对。 1)下载和安装 2)建立索引 和其他的比对软件一样,hisat2也需要建立自己的索引,我们可以下载官方已经建立好的索引(如H. sapiens索引): ...
hisat2官网为ccb.jhu.edu/software/hi...，你可以通过官网获取更多信息。早期的RNAseq分析常用tophat+cufflinks，但如今，DEseq和edgeR等R包成为了主流分析手段。2016年，作者推出hisat+StringTie+Ballgown的组合方案，这套工具链成为RNAseq分析的新标准，其在比对、拼接和定量分析上表现出色。下载安装hisa...
# and you can use them for DESeq/edgeR analysis # Run the differential expression analysis protocol using 'Ballgown' 这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理...
其实这个hisat2+stringtie+ballgown流程还挺出名的, 引用早就破千了,如下: 我看到一个GitHub分享了简单shell代码,见:https://gist.github.com/mbk0asis/ac3309450f9648e98bec034377beba46 # For RNA-seq reads, use "--dta/--downstream-transcriptome-assembly"# the command is similar to 'bowtie2'$ hi...