文章从流行的39个工具中组合了120种RNA-seq分析方法,并对分析结果的精确度、效率和一致性三个层次进行了评估。 在文章的最后作者给出了ballgown自己推荐的RNAseq 分析方法 分析流程如图所示,回帖用HISAT2,组装和定量用StingTie,差异计算选择DESeq2。 软件: 安装miniconda wget -c https://repo.anaconda.com/minic...
stringtie -e -B -p 6 -G sheep.gtf -o third_gtf/th_1C.gtf 1C.sorted.bam #后续用deseq2分析则需要该命令转化成deseq2可输入文件;用ballgown可忽略 prepDE.py -i deseq2_pre.txt -g black_deseq2_gene.txt -t black_deseq2_trans.txt 5. 分组差异表达分析 deseq2包的差异表达分析: #读...
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合,感觉还是蛮好用的,deseq2的功能颇多,hisat2+stringtie的处理速度又快,是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。 hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装,deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = ...
本篇笔记主要记录如何用Stringtie做转录本的组装和定量,以及如何制作样本列表矩阵,为后面DESeq2分析做铺垫。 stringtie转录本组装和定量 1 转录本组装 Stringtie是一个基因和转录本组装定量的软件,stringtie的输入文件有两个,一个是经过排序的bam文件,排序可以用前面说到的samtools sort命令完成,还有一个是参考基因组的...
Stringtie的输出类型是FPKM,而DESeq2的输入要求是count。所以要多一步转换,stringtie官方是给出一个python脚本的——prepDE.py (ccb.jhu.edu/software/st)。这个脚本官网的意思是来自一个实习的高中生(先敬个礼),16年写出以后是没有更新过的,至今也要在python2的环境下运行。但是直到19年2月份stringtiev.1.3.6...
hisat2+stringtie+deseq2分析RNA-SEQ数据 ，发现可以不用merge gtf这一步，所以我直接用自己的注释基因组，最后做出来果然没有MSTRG id了。也就是说如果你对新发现的转录本不感兴趣，就可以不用merge gtf这一步。其实如果你用bollown包来做差异分析，理论上不会有MSTRG的id了，因为他后面会...
gene-level:DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。 isoform level:DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 eXpress 、 Kallisto、Taco、Scallope、Rsem、WemIQ 、 Salmon 、iReckon、甚至包括CLIIQ 、MITIE、FlipFlop、MISO、alpine、iReckon 、NSMAP、MSIQ、rQu...
gene-level:DESeq2、TMM、edgeR、limma、etc。但是转录本定量在目前二代测序的短reads上是很难实现的。 isoform level:DRIMseq、Salmon、Stringtie、Cufflinks、 eXpress 、 Kallisto、Taco、Scallope、Rsem、WemIQ 、 Salmon 、iReckon、甚至包括CLIIQ 、MITIE、FlipFlop、MISO、alpine、iReckon 、NSMAP、MSIQ、rQu...
StringTie主要是用于 RNA-seq 的转录本组装和定量分析软件,包括下面两个主要功能:转录本组装和定量。 StringTie还有一个优势是运行速度很快,Stringtie通过使用基因组指导的组装的方法与从头组装的概念结合的方法来改善转录组组装。 现在转录组比较流行的数据分析流程:HISAT2 +StringTie+ Ballgown/edgeR/DEseq2 ...
且随着真实阳性对数2倍变化阈值的增加，其优势更为明显。综上所述，综合性能指标和软件组合方式的评估结果显示，DESeq2是最好的选择，而Ballgown的准确性始终相对较低。因此，对于希望深入学习bulk RNA-seq数据分析的研究者来说，这篇文章提供了一个宝贵的参考，强调了选择正确工具的重要性。