ballgown最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另一种差异表达分析包,如DESeq2。但是从stringtie中,无法得到每个基因(甚至转录本的)的原始read counts,只能得到FPKM。因此,并不能换分析。要换的话,也得从定量开始。不过可以得到每个转录本的外显子的read counts。 转自http://blog.sina.com.cn/s/blog...
write.table(stat_results,“second-step-gtf/cen-adj/DE.txt") 结果说明: ballgown 最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另 一种差异表达分析包,如 DESeq2。但是从 stringtie 中,无法得到每 个基因(甚至转录本的)的原始 read counts,只能得到 FPKM。因此, ...
Pertea et al. describe a protocol to analyze RNA-seq data using HISAT, StringTie and Ballgown (the ‘new Tuxedo’ package). The protocol can be used for assembly of transcripts, quantification of gene expression levels and differential expression analysi
ballgown最终的结果并没有得到相应差异表达基因。因此想换另一种差异表达分析包,如DESeq2。但是从stringtie中,无法得到每个基因(甚至转录本的)的原始read counts,只能得到FPKM。因此,并不能换分析。要换的话,也得从定量开始。不过可以得到每个转录本的外显子的read counts。 转自http://blog.sina.com.cn/s/blog...